Ein Teenager namens Gorou, dessen oberflächlicher Ehrgeiz darin besteht, bei Mädchen beliebt zu sein, findet sein Leben unwiderruflich verändert, als er ein Mädchen namens Shichiha vor dem Ertrinken in einem Fluss rettet. Diese Begegnung leitet eine seltsame und übernatürliche Beziehung ein, da Shichiha eine einzigartige und düstere Fähigkeit besitzt. Sie kann den Platz eines Verstorbenen einnehmen und an seiner Stelle zum Opfer werden. Diese Fähigkeit wird sofort auf die Probe gestellt, als Gorou selbst ermordet wird und Shichiha ihre Macht nutzt, um seinen Tod zu ersetzen.

Der zentrale Konflikt von Shichiha Gojūroku ist Gorous verzweifelte Suche, das Geheimnis seines eigenen Mordes zu untersuchen und zu lösen. Nachdem Shichiha sich geopfert hat, um seinen Tod vorübergehend rückgängig zu machen, erhält er eine zweite Chance, die Identität seines Mörders aufzudecken. Die Erzählung folgt einem bestimmten Bogen, sobald der Täter gefunden ist: Übernatürliche Kräfte sorgen dafür, dass der Täter zum Opfer seiner eigenen Tat wird und das Gleichgewicht wiederhergestellt wird. Während Gorou versucht, sich durch dieses tödliche Rätsel zu navigieren, trägt er ein persönliches Buch mit Dingen, die er vor seinem Tod erreichen möchte, ein Handlungselement, das auf eine bereits bestehende Krankheit oder eine fatalistische Einstellung hindeutet, die sein Handeln motiviert. Die Geschichte vermischt Elemente von Mystery und Übernatürlichem mit Shōnen-typischen Actionszenen.

Die Hauptfiguren werden durch ihre gegensätzlichen Rollen in diesem übernatürlichen Kreislauf definiert. Gorou ist impulsiv, etwas töricht und von dem Wunsch nach Ruhm getrieben, obwohl er eine entschlossenere Seite zeigt, wenn er mit dem Tod konfrontiert wird. Shichiha ist die mysteriöse weibliche Hauptfigur, deren übernatürliche Fähigkeiten zentral für die Handlung sind, obwohl ihr in der sich entwickelnden Beziehung oft die Handlungsfähigkeit fehlt. Die Nebenfiguren umfassen generische Randcharaktere und eine Kindheitsfreundin von Gorou, aber die Erzählung konzentriert sich hauptsächlich auf das zentrale Paar, das übernatürliche Mordfälle löst, die um sie herum auftauchen. Die Handlung ist als eine Reihe von Mystery-Fällen strukturiert. In einem bemerkenswerten Bogen untersuchen die Hauptfiguren eine grausige Szene in einer Schule, eine Erzählung, die dafür kritisiert wurde, dass die Figuren unlogisch handeln, wie zum Beispiel einen betäubten und bewusstlosen Gorou zu suchen, anstatt erwachsene Autoritäten zu rufen.