Im Mittelpunkt von Bruder Jingi stehen zwei junge Männer aus entgegengesetzten Enden des akademischen und sozialen Spektrums. Fujisaki Yuta ist ein Erstklässler an der Kaisei Gakuen Oberschule, einer renommierten nationalen Bildungseinrichtung. Nachdem er seine Mutter in jungen Jahren verloren hat, führt er ein diszipliniertes Leben mit seinem Vater und seiner jüngeren Schwester. Im völligen Gegensatz dazu steht Eiji, ein gleichaltriger Junge, der als der stärkste Delinquent der Tsurukame Oberschule bekannt ist, einer Einrichtung am unteren Ende der akademischen Rangliste. Ihre Welten kollidieren nicht durch Wahl, sondern durch eine Wendung des familiären Schicksals.

Nachdem Yuta einem Mädchen hilft, das er mag, und in eine Schlägerei gerät, wird er von Eiji gerettet, einem rauen, aber fähigen Kämpfer. Diese erste, angespannte Begegnung scheint ein einmaliges Ereignis zu sein, bis Yutas Vater eine Bombe platzen lässt. Er kündigt seine Absicht an, eine Frau namens Natsuki zu heiraten, die Besitzerin der Snackbar Je t'aime. Der Haken ist, dass Natsuki Eijis Mutter ist. Völlig fassungslos erklärt Yuta seine absolute Ablehnung der Verbindung, da er nicht der Bruder von jemandem aus einer delinquenten Welt werden will, die er verabscheut.

Trotz seiner Proteste erzwingt die Entscheidung der Eltern eine ungewollte häusliche Allianz, die Yuta und Eiji zwingt, unter einem Dach zu leben. Dieses High-Concept-Setup treibt die Erzählung voran und erkundet eine klassische Odd-Couple-Dynamik in einem modernen japanischen Setting. Yuta ist ein stolzes, rückgratloses Mitglied der Elite, das Ordnung und akademische Leistung schätzt, während Eiji nach einem rohen Kodex von Straßengerechtigkeit und Loyalität handelt, bekannt als Jingi. Der zentrale Konflikt entsteht aus ihren gegensätzlichen Werten und Yutas Weigerung, diese neue Familie zu akzeptieren.

Im Verlauf der Geschichte entfalten sich mehrere Handlungsstränge. Der erste Handlungsbogen etabliert die Prämisse, beginnend mit ihrer zufälligen Begegnung und fortschreitend durch den Schock der Wiederverheiratungsankündigung bis zur erzwungenen Wohngemeinschaft. Nachfolgende Handlungsstränge befassen sich wahrscheinlich mit den Reibungen in der Schule, wo Yutas Ruf durch die Verbindung mit einem Delinquenten beschädigt werden könnte, und Eiji in Konflikte verwickelt werden könnte, die die eigenen sozialen Hierarchien der Kaisei Gakuen betreffen. Das Konzept verspricht auch einen klassischen Handlungsbogen, in dem die Brüder lernen, die Stärken des anderen zu respektieren, wobei sich Eijis rohe Kraft und unerwarteter Ehrenkodex in Situationen als nützlich erweisen, in denen Yutas Intellekt versagt, und Yutas strategischer Verstand Eiji hilft, Probleme zu bewältigen, die nicht mit Fäusten gelöst werden können. Die Kernfrage bleibt, ob diese beiden unwilligen Geschwister jemals wirklich ihre Bindung akzeptieren können.