Der neue Oberschul-Transferstudent Makoto Hitsujiya trifft auf den sozial zurückgezogenen Takehiro Kokudou und entdeckt bald, dass Kokudou ein geheimnisvolles Notizbuch besitzt, das Bugs beschreibt. Dabei handelt es sich nicht um Computerfehler, sondern um unerklärliche Störungen der Realität selbst – Phänomene, die nur auftreten, wenn eine präzise Abfolge von Handlungen in der physischen Welt ausgeführt wird. Sie reichen von komisch trivial bis physisch unmöglich: Eine bestimmte Tastenkombination an einem Getränkeautomaten könnte dazu führen, dass Vogelkot an einer exakten Stelle landet, während andere Sequenzen übermenschliche Kräfte verleihen können. Fasziniert von diesen Anomalien, die den Gesetzen der Wissenschaft trotzen, wird Hitsujiya in Kokudous Welt hineingezogen, und die beiden beginnen, mit diesen seltsamen Exploits zu experimentieren und sie zu dokumentieren.

Die Erzählung nimmt eine scharfe Wendung, als Hitsujiya, getrieben von akademischer Unsicherheit, beschließt, einen Bug zu nutzen, von dem gemunkelt wird, dass er die Zeit zurückdreht, um eine Prüfung zu bestehen. Das Ritual erfordert, während einer Sonnenfinsternis nackt einen bizarren, peinlichen Tanz auf dem Schulhof aufzuführen. Der Versuch scheitert katastrophal. Statt in der Zeit zurückzureisen, wird Hitsujiya öffentlicher Schande und sozialem Ruin ausgesetzt; sein Leben gerät über die nächsten vierzig Jahre ins Trudeln, bis er zu einem obdachlosen Außenseiter wird. Erst in dieser Zukunft, nach einem angespannten Wiedersehen mit Kokudou, erfährt er die Wahrheit. Der Bug funktioniert tatsächlich, aber sein Zeitfenster ist winzig – er setzt die Zeit nur um wenige Minuten zurück. Nach einem weiteren Versuch kehrt Hitsujiya schließlich in seine Oberschulzeit zurück, nur Augenblicke vor seinem ursprünglichen Fehler, für immer verändert durch den entsetzlichen Blick auf eine verschwendete Zukunft, die er nun vermeiden kann.

Die Geschichte spielt in einer zeitgenössischen japanischen Oberschule und ihrer Umgebung, einer scheinbar gewöhnlichen Welt, in der das Außergewöhnliche knapp unter der Oberfläche verborgen liegt. Hitsujiya ist ein charismatischer, aber fehlerhafter Jedermann, dessen freundliche Natur oft im Konflikt mit seinem Ego und seiner Neugier steht, während Kokudou ein einsames Genie ist, dessen enzyklopädisches Wissen über die Bugs nur von seinem verzweifelten Wunsch nach einem wahren Freund übertroffen wird. Später gesellt sich Hashira Yuki zu ihnen, eine brillante, aber freudlose Mitschülerin, die die Bugs als möglichen Ausweg aus ihrem seelenzerstörenden akademischen Druck sieht.

Die Serie entfaltet sich in mehreren bemerkenswerten Handlungsbögen. Die anfängliche Entdeckungsphase etabliert die Regeln der Bugs in einer Reihe von unbeschwerten, experimentellen Vignetten. Dies weicht den lebensverändernden Konsequenzen des Eclipse-Rituals, das die Einsätze von bloßer Unterhaltung zu Überleben und Reue verschiebt. Nachfolgende Kapitel tauchen in psychologischen Horror ein, wie etwa Experimente mit Klartraum-Bugs, die Benutzer in albtraumhaften mentalen Konstrukten gefangen halten. Während das Trio gefährlichere Hacks erforscht, stößt ein Mädchen mit einer stalkerartigen Besessenheit von Hitsujiya zur Besetzung, was die Erzählung von episodischen Horror-Comedy-Erkundungen hin zu einer fokussierteren, seriellen Geschichte über die Ursprünge der Bugs und die geheimnisvolle Natur von Kokudous Notizbuch verschiebt, dessen Umschlag einen Aufkleber trägt, der sich weiterzuentwickeln scheint, je mehr sie es nutzen.