Die Havira sind eine Rasse winziger, humanoider Schmetterlingsmenschen, die auf den Amami-Inseln entdeckt wurden und aufgrund natürlicher Feinde und menschlicher Entwicklung vom Aussterben bedroht sind. Die Menschen haben die Kontrolle über ihr Überleben übernommen und Schutzgebiete eingerichtet, in denen die Havira in einem Zustand abhängiger Fürsorge leben. Um ihre Population zu kontrollieren, setzen die Menschen ein Zuchtprogramm durch, bei dem für jede Generation Tsugai, also Paarungspaare, ausgewählt werden, ohne Rücksicht auf die eigenen Wünsche der Individuen.

Die Geschichte folgt einem jungen Havira namens Oshino und seiner zugewiesenen Partnerin Mai. Sie leben in einem abgetrennten Bereich einer menschlichen Einrichtung und navigieren durch eine Welt, in der selbst einfache Möbel einen riesigen Hindernisparcours darstellen. Ihr Leben wird von Omura, einem rangniedrigen menschlichen Direktor, verwaltet, der sie als Exemplare unter seiner Obhut betrachtet. Obwohl sie in einem umfunktionierten Auto zusammenleben, fällt es Oshino schwer, eine Verbindung zu Mai aufzubauen, die distanziert wirkt und deren Zuneigung woanders liegt, insbesondere bei einer selbstbewussten und kenntnisreichen jungen Frau namens Oki-san. Oki-san träumt davon, in ihren natürlichen Lebensraum zurückzukehren, und argumentiert, dass Freiheit das Risiko wert sei, den menschlichen Schutz zu verlieren.

Der fragile Frieden des Schutzgebiets wird zerstört, als Krähen, furchterregende natürliche Feinde, in ihr Gehege einbrechen. Der Angriff ist plötzlich und brutal und führt zum Tod eines jungen Havira. Im Chaos opfert sich Oshino heldenhaft, um Mai vor einer Krähe zu retten, und reißt ihr ein Auge aus, als sie ihn fortträgt. Dieses Ereignis markiert einen entscheidenden Wendepunkt, der die falsche Sicherheit des Schutzgebiets zerschmettert. Es entfacht den Aufstand der Havira und zwingt die überlebenden Bewohner, sich der harten Realität ihrer Welt zu stellen und für ihre Freiheit von der menschlichen Kontrolle zu kämpfen.