Im modernen Japan operieren Ninja noch immer im Verborgenen als geheime Agenten des Staates. Yodaka, ein außergewöhnlich begabter junger Shinobi mit lähmender sozialer Angst, erhält seinen bisher schwierigsten Auftrag: Beschütze Aoi Mukai, eine tollpatschige Highschool-Erbin, die von flüchtigen Ninja, den sogenannten Nukenin, ins Visier genommen wird. Um seine Mission zu erfüllen, muss Yodaka unter dem Decknamen Yu Nozuki ihre Highschool besuchen und sich als normaler Schüler tarnen – eine Aufgabe, die durch seine völlige Unfähigkeit, ein Gespräch zu führen, erschwert wird.

Die Geschichte spielt in einer zeitgenössischen Welt, in der die Ninja Public Security Force (NPSF) diese modernen Agenten verwaltet, die oft über vererbte übermenschliche Fähigkeiten namens Kekkai verfügen. Yodaka ist ein Sonderfall, da er keine Ninja-Abstammung oder Kekkai besitzt und sich ausschließlich auf sein natürliches Talent verlässt. Er wird Squad 9 zugeteilt, zusammen mit Hibari (Kana Fujimiya), einer erfahrenen Ninja, die Aois beste Freundin werden soll, und Umineko (Taki Utsumi), der ihr Freund werden soll. Das Squad erhält Befehle von einem rätselhaften Operator, der nur als Nummer Neun bekannt ist.

Die frühen Handlungsbögen etablieren die Mission und die Bedrohungen. Der Einführungsbogen und der Miyake-Bogen zeigen, wie Yodaka erste Attentatsversuche vereitelt, darunter einen von einem scheinbar gemobbten Erstklässler, der ein abtrünniger Ninja ist. Unerwartet entsteht eine echte Freundschaft mit Aoi, die seine aufrichtige Tollpatschigkeit über die künstliche Höflichkeit schätzt, die sie sonst erfährt. Der Schlacht-im-Einkaufszentrum-Bogen und der Schulcamp-Bogen erhöhen die Einsätze; letzterer führt eine neue Mission ein, bei der Yodaka offiziell die Rolle von Aois Freund spielen muss, was ihn zwingt, sich seinen wachsenden romantischen Gefühlen für sie zu stellen.

Im Verlauf der Serie weitet sich der Horizont. Der Infiltrationsbogen des flüchtigen Ninja-Verstecks zeigt, wie Squad 9 ein neues Mitglied, Suzume, rekrutiert und ein feindliches Lagerhaus angreift. Der darauffolgende Fort-Port-Bogen verlegt Aoi zu ihrer Sicherheit in eine neue Festung, und der Massenangriffsbogen der flüchtigen Ninja zeigt einen groß angelegten feindlichen Angriff auf das sich erholende Squad. Ein bemerkenswerter Antagonist wird eingeführt: Kawasemi, ein flüchtiger Ninja, der mysteriöserweise behauptet, Aois älterer Bruder zu sein, obwohl offizielle Aufzeichnungen besagen, dass sie keine lebenden Verwandten hat. Die Serie entwickelt weiter das Geheimnis, warum Aoi ins Visier genommen wird, sowie die internen Konflikte innerhalb der NPSF, wobei spätere Bögen wie der Kasasagi-Bogen und der Infiltrationsmissionsbogen auf eine größere Konfrontation hinarbeiten.