Ein Jahrzehnt vor Beginn der Geschichte verwüstet ein Meteoriteneinschlag das Zentrum Tokios. In der Folge wird die Megastadt in zwei getrennte Zonen geteilt: einen wohlhabenden Sektor, der den Reichen vorbehalten ist, und ein gesetzloses, verarmtes Slum, das um den Meteoritenkrater herum gebaut wurde. In diesem Slum lebt Riku Kurita, ein entschlossener 13-jähriger Junge, der durch die Katastrophe zum Waisen wurde, mit seinem Ersatzonkel, einem mittelalterlichen Polizisten namens Goro Fujimoto.

Trotz der rauen Umgebung überlebt Riku, indem er sich auf seinen Verstand und die Freundlichkeit von Fujimoto verlässt. Dieser fragile Frieden wird jedoch zerstört, als Fujimoto ermordet wird, während er sich darauf vorbereitet, die umfangreichen kriminellen Aktivitäten und die Korruption von Eishu Kidoin, dem mächtigen Polizeipräsidenten von Tokio, aufzudecken. Riku ist der einzige Zeuge des Mordes, aber anstatt Gerechtigkeit zu erfahren, wird er von Kidoin selbst für das Verbrechen verantwortlich gemacht. Ohne Ausweg wird Riku verhaftet und in das Paradise Island Penitentiary geschickt, ein strenges Hochsicherheitsgefängnis, das vom Festland isoliert ist.

Die zentrale Erzählung folgt Rikus Kampf ums Überleben in diesem brutalen System. Auf Paradise Island ist er von hartgesottenen Gangstern und gewalttätigen Kriminellen umgeben, die ihn schnell als Schwächling ins Visier nehmen. Getrieben von seiner brennenden Wut und dem verzweifelten Wunsch, seinen Onkel zu rächen, indem er die Wahrheit über Kidoin enthüllt, weigert sich Riku, gebrochen zu werden. Er beginnt, Allianzen mit anderen Insassen zu schließen und entwickelt einen Plan, nicht nur zu überleben, sondern zu fliehen. Ein wichtiger Teil seiner Ausbildung besteht darin, unkonventionelle Fähigkeiten von Mitgefangenen zu erlernen, wie zum Beispiel von Ichiro Tanaka, einem Revolutionär, der seine Handschellen nach Belieben abnehmen kann und Riku lehrt, wie man für die Wachen unsichtbar wird.

Nach vielen Mühen gelingt Riku und seinen Gefährten der Ausbruch aus Paradise Island. Ihre Freiheit ist nur von kurzer Dauer, da sie direkt in eine von Kidoin gestellte Falle tappen. Anstatt in ein normales Gefängnis zurückgebracht zu werden, werden sie in eine geheime, illegale Einrichtung namens Hell Island geschickt. Auf Hell Island werden die Gefangenen zu brutaler Arbeit gezwungen, indem sie massive unterirdische Minen an der Oberfläche graben, während darüber Opium angebaut und hergestellt wird. Die Bedingungen sind ein Todesurteil, wobei die meisten Insassen innerhalb eines Monats sterben. Riku und seine Freunde müssen ihre Kräfte erneut sammeln, um diesen neuen Höllenkreis zu überleben und einen weiteren waghalsigen Ausbruch zu versuchen.

Der Hauptantagonist ist Eishu Kidoin, der als primärer Bösewicht der Geschichte dient. Er ist ein erschreckend manipulativer Soziopath, der seine Autorität nutzt, um jedes Hindernis zu beseitigen, und Menschen als Wegwerfwerkzeuge behandelt. Er besitzt eine erschreckende Einsicht in die menschliche Psychologie und hat ein perverses Vergnügen daran, seinen Opfern seine Machenschaften zu erklären. Ein Spin-off-Manga, Boss Renoma: Shujin Riku Gaiden, konzentriert sich auf die Vorgeschichte von Sasaki Renoma, einem mächtigen Gangsterboss aus den Slums, der zu einem wichtigen Verbündeten von Riku wird.