Shinobu ist eine Oberschülerin, die darauf besteht, völlig gewöhnlich zu sein, doch wird sie häufig dabei beobachtet, wie sie Wände hochklettert, Shuriken wirft und in Rauchwolken verschwindet. Ihr Klassenkamerad, der fleißige Hitoyoshi Kageyama, ist der Einzige, der diese Taten miterlebt und von ihren Leugnungen völlig unbeeindruckt bleibt. Obwohl sie in Wahrheit eine hochqualifizierte Ninja ist, ist Shinobu völlig unerfahren im Umgang mit normalen sozialen Interaktionen, insbesondere mit Freundschaft und Romantik. Dies schafft das zentrale Dilemma ihres Lebens: Sie möchte als durchschnittliches Mädchen gesehen werden, um Hitoyoshi näherzukommen, aber ihre Ninja-Gewohnheiten und seine anhaltenden Verdächtigungen erschweren ständig ihre Bemühungen.

Die Geschichte spielt in einer zeitgenössischen japanischen Stadt, in der Shinobu die vertraute Landschaft einer romantischen Komödie durchlebt, von Schulfesten über Sporttage bis hin zu Sommerfesten. Trotz ihrer Fähigkeiten im Kampf und in der Infiltration ist sie unbeholfen und sprachlos, wenn sie versucht, ihre Gefühle auszudrücken. Hitoyoshi seinerseits ist zuverlässig, aber begriffsstutzig und sieht sie zunächst eher als mysteriöse Ninja, die es zu beobachten gilt, denn als potenzielle Liebesinteresse. Während sie an verschiedenen Schulaktivitäten teilnehmen, nähern sich die beiden allmählich an. Shinobu beginnt, die Freuden der Freundschaft mit ihren Mitschülerinnen und die Mühen, ihren Schwarm zu beeindrucken, zu erleben, während sie gleichzeitig versucht, ihre Ninja-Instinkte zu unterdrücken.

Ein zentraler Handlungsbogen erforscht den Unterschied zwischen Shinobus obsessiver, stalkerartiger Aufmerksamkeit und einer echten, gegenseitigen Beziehung. Ihre emotionale Entwicklung wird mit ihrer Vorgeschichte kontrastiert, die offenbart, dass sie einst völlig von der Gesellschaft losgelöst war und sich nur um ihre Ninja-Pflichten kümmerte, bevor Hitoyoshi ihr die Hand reichte. Nebenfiguren, darunter eine burschikose kleine Schwester, ein beliebter Kuppler-Freund und eine Kindheitsfreundin namens Kazumi, tragen zu einer gesunden und konfliktarmen Umgebung bei. Insbesondere Kazumi bietet einen interessanten Gegenpol zu Shinobu, da sie ihre Freundschaft mit Hitoyoshi über das Erzwingen einer romantischen Note stellt und so die verschiedenen Formen von Verbundenheit hervorhebt. Durch diese Interaktionen konzentriert sich die Serie auf Shinobus Verwandlung von einer abgeschotteten Agentin zu einem Oberschulmädchen, das lernt, sein Herz zu öffnen.