Viele Jahre sind vergangen, seit die Menschheit von der Erde verschwunden ist und den Planeten der Natur überlassen hat. Im Bezirk Ginza in Tokio arbeitet das Hotel Gingarou weiter, als hätte sich nichts geändert, betrieben von den verbliebenen Robotermitarbeitern. Die zentrale Figur ist Yachiyo, ein Hotelier-Roboter, der als geschäftsführender Manager fungiert, zusammen mit anderen funktionalen Robotern wie dem Türsteher-Roboter und dem Umgebungsprüf-Roboter. Sie haben darauf gewartet, dass der Hotelbesitzer zurückkehrt und dass endlich wieder menschliche Gäste durch ihre Türen kommen.

Ein Jahrhundert nach dem Verschwinden der Menschheit trifft der erste Besucher ein – doch es ist kein Mensch, sondern ein Außerirdischer. Dies markiert den Beginn einer neuen Ära für das Hotel, als nach und nach außerirdische Gäste erscheinen. Zu den bedeutendsten Ankömmlingen gehört eine Familie von tanuki-ähnlichen Außerirdischen, die vor einem Krieg auf ihrem Heimatplaneten fliehen. Sie lassen sich auf der Erde nieder, verwandeln ihr Raumschiff in ein Zuhause, und einer der Tanuki, Ponko, schließt sich schließlich dem Hotelpersonal an. Dank der langen Lebensspanne der Tanuki arbeiten Yachiyo und Ponko jahrhundertelang zusammen, verbessern nach und nach das Hotel und ziehen mehr außerirdische Besucher an.

Apocalypse Hotel Karikari ist eine direkte Fortsetzung des früheren Mangas Apocalypse Hotel Pusupusu, beides originale Comic-Adaptionen, die auf der Anime-Serie basieren. Während der Anime einer durchgehenden Zeitleiste folgt, die Hunderte von Jahren umfasst, verfolgt dieser Manga einen episodischen Ansatz, wobei jedes in sich abgeschlossene Kapitel einen einzelnen absurden oder herzerwärmenden Vorfall beleuchtet, der in der Hauptgeschichte nicht vollständig behandelt wird. Der Ton bleibt komödiantisch und alltäglich, wobei die unerschütterliche Hingabe der Roboter an die Gastfreundschaft mit dem unberechenbaren und oft bizarren Verhalten ihrer außerirdischen Gäste kollidiert. Trotz der postapokalyptischen Umgebung betont die Erzählung Humor, kleine alltägliche Dramen und die stille Entschlossenheit von Maschinen, die auf eine Menschheit warten, die vielleicht nie zurückkehrt.