Die Geschichte spielt im Japan des frühen 17. Jahrhunderts, unmittelbar nach der Schlacht von Sekigahara, als Tokugawa Ieyasu seine Macht festigt. Zu seinen verbliebenen Feinden gehören die Anhänger von Toyotomi Hideyori, darunter der Kriegsherr Yukimura Sanada und sein gefürchteter Ninja-Clan. Die Elitekrieger dieses Clans werden als Sarutobi bezeichnet, legendär für ihre nahezu unbesiegbaren Kampffähigkeiten. Tokugawa befiehlt seinem rechten Mann, Hanzo Hattori, dem Kommandeur der Iga-Ninja, jeden Überlebenden der Sanada-Fraktion zu jagen, insbesondere die Sarutobi, die er als ernste Bedrohung ansieht.

Einer der furchterregendsten Sarutobi ist Daisuke Ozaru. Er hat eine Frau und einen kleinen Sohn namens Sasuke. Nach einem heftigen Kampf wird Ozaru verwundet und kann knapp entkommen. Als reisender Fremder verkleidet kehrt er nach Hause zurück, aber die ihn verfolgenden Auftragsmörder holen ihn ein und töten seine Frau. Der kleine Sasuke wird Zeuge des Todes seiner Mutter, ohne zu wissen, dass der verwundete Reisende sein Vater ist. Ozaru kann seine wahre Identität nicht preisgeben, aus Angst um die Sicherheit seines Sohnes. Vater und Sohn sind gezwungen zu fliehen und durch Japan zu ziehen, auf der Flucht vor den unerbittlichen Iga-Ninja. Während ihrer Reise trainiert Ozaru Sasuke heimlich in allen Sarutobi-Techniken – Heimlichkeit, Kampf, Überleben und die harten Realitäten des Ninja-Lebens. Unterwegs begegnen sie einer Reihe von Gegnern: rivalisierenden Ninja, Kopfgeldjägern und Agenten Tokugawas.

Die Erzählung folgt dieser gefährlichen Reise und konzentriert sich auf Sasukes allmähliche Verwandlung von einem traumatisierten Kind in einen erfahrenen und abgehärteten Krieger. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören die anfängliche Tragödie und Flucht, die langsame Enthüllung der Vaterschaft unter Geheimhaltung, die fortschreitende Meisterschaft der Sarutobi-Künste und die ständige Bedrohung durch Hanzo Hattoris Verfolgung. Die Bindung zwischen Vater und Sohn wird durch Stille und Gefahr auf die Probe gestellt, bildet aber den emotionalen Kern der Geschichte. Der Manga gewann 1963 den 4. Kodansha Children's Manga Award für seine Mischung aus historischer Action und Drama.