Rinichi Sagara ist ein Mittelschüler, der unter seiner geringen Körpergröße und seinen femininen Zügen leidet. Seine Empfindlichkeit gegenüber seinem Aussehen provoziert ihn oft zu Schlägereien, was ihm den Ruf einbringt, mürrisch und einschüchternd zu sein. Die meisten Mitschüler meiden ihn, außer der freundlichen Aya Kurokawa, in die er heimlich verliebt ist, und Yuu Narumi, seinem Rivalen um Kurokawas Zuneigung. Eines Tages, während eines Streits mit Narumi, bricht Sagara zusammen. Als er wieder zu Bewusstsein kommt, stellt er fest, dass er sich in ein Mädchen verwandelt hat.

Diese plötzliche Veränderung ist das Ergebnis eines Phänomens namens Emergenz, eines biologischen Mechanismus, der zufällig einige Jungen in Mädchen verwandelt, um ein ausgeglichenes Geschlechterverhältnis in der Bevölkerung aufrechtzuerhalten. Sagara weigert sich, seinen neuen Körper zu akzeptieren, und ist noch entschlossener, sich maskulin zu verhalten. Doch sowohl Kurokawa als auch Narumi erfahren bald sein Geheimnis, was die bisherige Dynamik ihres Dreiecksbeziehung durcheinanderbringt. Die Geschichte folgt Sagaras Kampf mit seiner Identität, seinen Beziehungen und seinen Versuchen, das Schulleben zu meistern, während er seine Verwandlung verbirgt oder sich ihr stellt.

Der Manga ist als eine Reihe von Bänden strukturiert, die jeweils eigenständige Handlungsbögen enthalten. Der erste Band zeigt Mamiya und Miyoshi aus der ursprünglichen Kanojo ni Naru Hi-Reihe, die fünf Jahre nach den Ereignissen dieser Geschichte wieder aufeinandertreffen. Der zweite Band enthält einen separaten One-Shot mit dem Titel S no Kaikoroku (Memoiren eines Sadisten), der eine Figur namens Natsukawa verfolgt, die allmählich in eine gefährliche S&M-Beziehung mit seiner Freundin Sakurai hineingezogen wird. Der vierte Band endet mit einer Reihe von Vier-Panel-Comics und einem kurzen Epilog, der kurz nach Sagaras erstem Leben als Mädchen spielt.