Homura Tsukishima und Sakurako Hirosue sind Mitbewohnerinnen an der Principia Academy, einer Schule auf einer abgelegenen Insel, die ausschließlich dem Studium der Shiki dient – einer einzigartigen Kraftform, die durch die Manipulation von Zahlen erzeugt wird. Die Schüler der Akademie werden darin ausgebildet, diese Fähigkeiten zu entwickeln und zu kontrollieren, die zentral für das Campusleben sind und wahrscheinlich mit dem wahren Zweck der Schule zusammenhängen. Die Geschichte folgt dem Alltag und der sich vertiefenden Beziehung zwischen Homura und Sakurako, während sie die Herausforderungen ihres Studiums, die Geheimnisse hinter der Shiki-Forschung und die wachsende romantische Spannung zwischen ihnen meistern. Ihre Bindung, anfangs eine Zweckgemeinschaft als Mitbewohnerinnen, wird vor dem Hintergrund einer Schule, die akademischen Alltag mit verborgenen Konflikten und körperlichen Auseinandersetzungen verbindet, allmählich intimer und komplizierter. Die Erzählung balanciert leichtere komödiantische und romantische Momente mit intensiveren Kampfszenen aus und erkundet, wie die beiden jungen Frauen sowohl im als auch außerhalb des Kampfes aufeinander angewiesen sind. Die vollständige Geschichte entfaltet sich in einem einzigen Band mit sieben Kapiteln, die auf eine Lösung sowohl der persönlichen als auch der größeren institutionellen Konflikte hinsichtlich der Natur der Shiki und der Akademie selbst hinarbeiten.