Die Geschichte von Rewrite:SIDE-B spielt in der fiktiven Stadt Kazamatsuri, einer modernen japanischen Metropole, in der jahrzehntelange aggressive Baumpflanzungen und Aufforstungen die städtische Landschaft in eine dichte, fast dschungelartige Umgebung verwandelt haben, die von Vegetation überwuchert ist. Der Protagonist, Kotarou Tennouji, ist ein scharfzüngiger und etwas selbstverliebter Oberschuljunge, der eine einzigartige übermenschliche Fähigkeit besitzt: Er kann jeden Teil seines eigenen Körpers dauerhaft umschreiben und vorübergehend seine Stärke, Geschwindigkeit oder andere körperliche Eigenschaften verbessern. Trotz dieser Kraft führt Kotarou ein weitgehend unbeschwertes Leben, belästigt seinen kriminellen Freund Haruhiko und schwärmt für die schrullige Kindheitsfreundin Kotori Kanbe. Sein gewöhnlicher Alltag wird zerstört, als er auf Akane Senri trifft, das einzige Mitglied und die Präsidentin des fast aufgelösten Okkultforschungsclubs der Schule, ein mysteriöses Mädchen, das andere die Hexe nennen. Von ihr und der Verheißung des Übernatürlichen fasziniert, stimmt Kotarou zu, den Club wiederzubeleben. Er rekrutiert Kotori und dann drei weitere Mädchen: die tollpatschige Transferstudentin Chihaya Ootori, die strenge und scharfzüngige Klassensprecherin Lucia Konohana und die ruhige, unauffällige Shizuru Nakatsu. Während der neu gegründete Okkultclub eine Reihe gemeinsamer Abenteuer erlebt, bei denen er lokale paranormale Gerüchte untersucht, beginnt Kotarou, verborgene Geheimnisse zu entschlüsseln, die mit jedem Mitglied verbunden sind. Diese Begegnungen ziehen ihn unweigerlich in eine seltsame, alternative Dimension von Kazamatsuri, eine stille, grau bewölkte Welt, die scheinbar neben der realen existiert. Dieser Manga adaptiert hauptsächlich die Shizuru-Route aus der ursprünglichen Visual Novel und konzentriert sich auf Kotarous sich vertiefende Verbindung zu Shizuru, während die Einsätze steigen. Es ist eine von zwei komplementären Manga-Adaptionen; Rewrite:SIDE-B folgt dem Weg, den Kotarou einschlägt, wenn er sich auf sich selbst und seine persönlichen Bindungen konzentriert, während Rewrite:SIDE-R dem Weg folgt, auf dem er sich der weiteren Welt stellt. Durch diese Reise wird Kotarou gezwungen, sich einem Schicksal zu stellen, das nur er möglicherweise umschreiben kann.