Nana Chigusa und Kaoru sind in ihrem dritten und letzten Jahr der Oberschule. Während die Aufnahmeprüfungen für die Universität näher rücken und der Druck, ihre Zukunft zu entscheiden, zunimmt, intensiviert sich ihr privates SM-Spiel, das sie „Atempausen“ nennen. Die Handlung spielt nach den Ereignissen der ursprünglichen Nana to Kaoru-Serie und des Black Label-Arcs. Last Year folgt dem Paar, während es die letzte Etappe der Adoleszenz meistert. Ihre geheime Bindung vertieft sich, doch neue Komplikationen entstehen durch die Beteiligung anderer Charaktere, darunter der Schriftsteller Tachibana und die durchsetzungsfähige Sarashina, die die Dynamik zwischen Nana und Kaoru herausfordern. Die Geschichte legt mehr Gewicht auf Nanas Perspektive und erforscht ihre Ängste vor Abhängigkeit, ihre Furcht, Kaoru zu verlieren, und ihr wachsendes Vertrauen in ihn. Im Laufe des Jahres lernen beide, ihre eigenen Wünsche klarer zu verstehen. Am Ende bekräftigen Nana und Kaoru ihr Engagement füreinander, akzeptieren, dass ihre ungewöhnliche Verbindung ein untrennbarer Teil von ihnen ist, und blicken einer gemeinsamen Zukunft entgegen.