Die FBI-Spezialagenten Fox Mulder und Dana Scully werden den X-Akten zugeteilt, einer Abteilung, die ungelöste Fälle mit übernatürlichen Phänomenen, Alien-Begegnungen und Regierungsverschwörungen untersucht. Mulder, ein Gläubiger, der von der Entführung seiner Schwester in der Kindheit angetrieben wird, sucht definitive Beweise für außerirdisches Leben, während Scully, eine Ärztin und Skeptikerin, zunächst an seine Seite gestellt wird, um wissenschaftliche Analysen anzuwenden und seine Theorien zu widerlegen. Ihr Zusammenspiel von Glaube und Vernunft treibt jede Untersuchung an.

Der dreibändige Manga adaptiert sechs Schlüsselepisoden aus der ersten Staffel der Fernsehserie. Band 1 präsentiert den Piloten, in dem Mulder und Scully eine Reihe von Entführungen untersuchen, die mit einem mysteriösen Alien-Entführer in Verbindung stehen, sowie Ice, in dem ein Team von Wissenschaftlern an einer arktischen Forschungsstation von einem parasitären außerirdischen Organismus infiziert wird. Band 2 umfasst Squeeze, die Jagd nach einem mutierten Killer, der seinen Körper durch Lüftungsschächte und Rohrleitungen quetschen kann, und Beyond the Sea, in dem ein verurteilter Serienmörder behauptet, psychische Visionen zu haben, die helfen könnten, eine entführte Frau zu finden, was Scullys Skepsis herausfordert, als sie selbst eine übernatürliche Verbindung erfährt. Band 3 enthält Fire, das einen pyrokinesischen Attentäter betrifft, der auf die Familie eines britischen Diplomaten abzielt, und Shadows, in dem der rachsüchtige Geist eines verstorbenen Industriellen Telekinese einsetzt, um seine Tochter zu beschützen und Unternehmensfehlverhalten aufzudecken.

Im Laufe dieser Fälle entdecken die Agenten Hinweise auf eine größere Schattenorganisation, die Informationen über außerirdisches Leben kontrolliert, und ihre Partnerschaft vertieft sich, während sie sich Monstern, Mutanten und Kräften jenseits der konventionellen Wissenschaft stellen. Der Manga hält die unheimliche Atmosphäre der Serie getreu ein und balanciert eigenständige Horrorgeschichten mit der fortlaufenden Mythologie der Alien-Kolonisierung und Regierungsgeheimnisse aus.