Versteckt in einer ruhigen Ecke von Kamakura dient eine kleine Antiquariatsbuchhandlung namens Biblia Koshodō als Schauplatz für eine Reihe stiller, bücherbezogener Rätsel. Die Besitzerin, Shioriko Shinokawa, ist eine auffallend schöne junge Frau, deren extreme Schüchternheit alltägliche Gespräche zur Qual macht. Doch wenn es um alte Bücher geht, verwandelt sie sich völlig: Ihr Wissen ist enzyklopädisch, ihr Gedächtnis scharf und ihre Fähigkeit, die verborgenen Geschichten in abgenutzten Seiten zu lesen, geradezu unheimlich. Jedes Buch, das durch ihre Hände geht, trägt Spuren seiner früheren Besitzer, und Shioriko hat die Gabe, die Geheimnisse zu entschlüsseln, die diese Spuren bergen.

Die Geschichte beginnt, als ein junger Mann namens Daisuke Gōra den Laden betritt. Er ist mit einer Art Bücherphobie aufgewachsen und liest kaum, aber er hat von seiner Großmutter einen vollständigen, signierten Satz der Werke von Natsume Sōseki geerbt. Er möchte eine Schätzung, und seine Ankunft setzt die Handlung in Gang. Fast gegen seinen Willen in Shiorikos Bann gezogen, findet sich Daisuke bald als Teilzeitangestellter in der Buchhandlung wieder. Durch seine Augen erleben die Leser eine Reihe ungewöhnlicher Kunden: einen Buchhändler, der versucht, einen gestohlenen Band wiederzubekommen, eine Frau, die eine seltene Ausgabe sucht, die mit ihrer Familiengeschichte verbunden ist, einen Mann mit einer mysteriösen Verbindung zu Shiorikos verschwundener Mutter, und andere, deren Leben mit den Büchern, die sie bringen, verflochten sind.

Die Geschichten sind in sich abgeschlossen, verweben sich aber allmählich zu größeren Handlungsbögen. Die frühen Kapitel konzentrieren sich auf einzelne Rätsel: Ein signiertes Exemplar eines klassischen Romans enthüllt eine verborgene Romanze; ein schmaler Gedichtband birgt einen Hinweis auf ein jahrzehntealtes Verschwinden; ein seltener Science-Fiction-Taschenbuch verbindet Fremde über Generationen hinweg. Im Verlauf der Serie tauchen tiefere Fäden auf. Shiorikos Vergangenheit wird zu einem zentralen Rätsel, insbesondere die Umstände eines Sturzes, der sie vor Beginn der Geschichte ins Krankenhaus brachte, ein Vorfall, den sie schließlich gesteht, kein Unfall, sondern ein Angriff gewesen zu sein. Auch Daisukes eigene Geschichte mit Büchern und seiner Familie rückt in den Fokus, und die Beziehung zwischen den beiden Protagonisten vertieft sich von vorsichtiger professioneller Distanz zu gegenseitigem Vertrauen und Zuneigung.

Die Umgebung ist wesentlich für die Atmosphäre. Kamakura, eine alte Hauptstadt Japans, bietet eine Kulisse aus Tempeln, engen Gassen und einem Gefühl von Geschichte, das die gealterten Bücher im Mittelpunkt jedes Falls widerspiegelt. Die Buchhandlung selbst, Biblia Koshodō, ist ein kleiner, überfüllter Raum, in dem der Duft von altem Papier und Ledereinbänden in der Luft hängt und in dem jedes Regal eine Geschichte zu bergen scheint, die darauf wartet, erzählt zu werden.

Die Erzählung ist um zwei große Handlungsblöcke herum aufgebaut, die ihren Ursprung in den zugrundeliegenden Light Novels haben. Der erste Block, der sich auf Shioriko selbst konzentriert, folgt ihr und Daisuke, während sie Rätsel lösen, die mit echten, oft seltenen Ausgaben verbunden sind, und sich gleichzeitig den Geheimnissen um Shiorikos Familie und dem Angriff auf ihr Leben stellen. Dieser Handlungsbogen erreicht einen großen emotionalen und erzählerischen Höhepunkt, als Shioriko und Daisuke ihre Bindung formell anerkennen und damit eine Phase der Geschichte abschließen. Danach verlagert sich der Fokus auf eine neue Generation: Der zweite Block führt die Tochter des Paares ein, Tobiko, die das Talent ihrer Mutter erbt, die in alten Büchern verborgenen Geschichten zu entschlüsseln. Die Umgebung bleibt dieselbe Buchhandlung in Kamakura, aber die Perspektive und die Figuren erweitern sich, sodass neue Rätsel entstehen können, während das Vermächtnis der früheren Erzählungen fortgeführt wird.

Durchgehend behandelt die Serie jedes reale, namentlich genannte Buch mit Respekt und Sorgfalt und nutzt seine Geschichte, seinen Autor und seinen physischen Zustand als Rohmaterial für menschenzentrierte Rätsel. Die Rätsel sind sanft, angetrieben von Emotionen und Erinnerungen statt von Gewalt, und die Lösung jedes Falls bringt den Beteiligten meist Verständnis oder Versöhnung. Die Bindung zwischen Büchern und ihren Besitzern ist das eigentliche Thema, und Shioriko, ob als schüchterne junge Ladenbesitzerin oder später als Mutter und Mentorin, fungiert als Interpretin dieser Bindung.