JoJo's Bizarre Adventure: Over Heaven wird als das verlorene Tagebuch des Vampirs Dio Brando dargestellt, dasselbe Notizbuch, das im Handlungsbogen Stone Ocean erscheint. Die Einträge werden während der Ereignisse von Stardust Crusaders verfasst, als Dio seine Gedanken festhält, während die Joestar-Gruppe sich in Ägypten auf ihn zubewegt. Das Tagebuch verbindet unmittelbare Beobachtungen der sich entfaltenden Schlacht mit tiefgründigen Reflexionen über sein gesamtes Leben – von seiner verarmten Kindheit im viktorianischen England über seinen Aufstieg zum Vampir bis hin zu seinem Ehrgeiz, das zu erreichen, was er Himmel nennt. Dio überdenkt seine zerrüttete Beziehung zu seinem Adoptivbruder Jonathan Joestar, die Grausamkeit seines Vaters Dario und den Tod seiner Mutter, an die er sich als töricht gütig erinnert. Er schildert auch seine Treffen mit dem Priester Enrico Pucci und legt die spezifischen Voraussetzungen dar, die seiner Meinung nach nötig sind, um menschliche Grenzen zu überwinden und die Welt neu zu gestalten. Durch diese persönliche Aufzeichnung erforscht der Roman Dios Philosophie über Macht, Tod und Vermächtnis, während er gleichzeitig die Ereignisse der Teile eins, drei und sechs der JoJo's Bizarre Adventure-Reihe miteinander verbindet.