Die siebzehnjährige Hotaru Morikawa ist eine gewöhnliche Oberschülerin, die eine intensive Schwärmerei für ihren Biologielehrer Sakuya Kagetsu entwickelt. Getrieben von dem unschuldigen Wunsch, ihm näherzukommen, versucht sie, die Distanz zwischen Schülerin und Lehrer zu überbrücken, ohne zu ahnen, dass das Objekt ihrer Zuneigung eine verborgene und zutiefst traumatische Vergangenheit birgt. Während Hotaru ihren Gefühlen nachgeht, wird sie allmählich in einen dunklen Strudel von Verbrechen hineingezogen, die Kagetsu umgeben, und die Geschichte wandelt sich von einer verbotenen Schulromanze zu einem spannenden psychologischen Mysterium.

Der Schauplatz des Mangas ist eine zeitgenössische japanische Oberschule, wo Hotarus energiegeladene und manchmal ahnungslose Persönlichkeit im Kontrast zu Kagetsus ruhigem und geheimnisvollem Auftreten steht. Der zentrale Konflikt entfaltet sich, als Hotaru entdeckt, dass Kagetsu mit einer Frau namens Natsumi verheiratet ist, es jedoch unerklärliche Lücken in seinem Gedächtnis und Verhalten gibt. Sie erfährt, dass Kagetsu unter Gedächtnisstörungen leidet und seine Frau unter verdächtigen Umständen verschwunden zu sein scheint. Je tiefer Hotaru gräbt, desto mehr beginnt sie zu hinterfragen, was sie über Liebe, Vertrauen und die Natur des im Titel angedeuteten „Verbrechens“ weiß. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören die frühe Phase von Hotarus einseitiger Verfolgung, die Enthüllung von Kagetsus traumatischer Vorgeschichte und der Existenz seiner Frau, die Untersuchung von Natsumis Verschwinden unter Beteiligung einer gemeinsamen Freundin namens Yuka Hiiragi sowie der allmähliche Wandel von einer unbeschwerten Schwärmerei zu einer spannungsgeladenen Entwirrung von Geheimnissen und Lügen. Die Geschichte gipfelt in einem Höhepunkt, an dem die Charaktere sich den Konsequenzen ihrer Entscheidungen und der Wahrheit hinter der doppelten Bedeutung des Titels von Liebe und Übertretung stellen müssen.