Mitte des 21. Jahrhunderts eröffnete die Entdeckung der Ätherwahrnehmung den Menschen Zugang zu übernatürlichen Fähigkeiten. Kriminelle Organisationen nutzten dies durch illegale Ätherverstärkungsoperationen aus und brachten übermächtige Bandenführer hervor, die sich Dämonenherren nannten und die Unterwelt Tokios unter ihre Kontrolle brachten. Um ihnen entgegenzuwirken, legalisierte die Regierung die Kopfgeldjagd mit einer speziellen Droge namens E3, die die Ätherkräfte eines Anwenders vorübergehend verstärkt; diese sanktionierten Killer sind offiziell als Helden bekannt, obwohl sie in der Praxis kaum besser sind als die Schläger, die sie jagen.

Yashiro, ein freiberuflicher Held mit dem Spitznamen der Schnitter, führt ein ausschweifendes Leben aus Pizza, Bier und Kartenspielen und arbeitet lieber allein. Eines Tages wird er Zeuge, wie ein Schulmädchen vom Himmel fällt und auf dem Boden aufschlägt. Das Mädchen ist Aki Jogamine, eine Auszubildende der staatlichen Heldenausbildungsakademie. Sie hatte einen Klassenkameraden verfolgt, der von den Handlangern eines Dämonenherren entführt worden war, und wurde von einem Gebäude geworfen, als sie überwältigt wurde. Widerwillig rettet Yashiro sie, und sie bittet ihn sofort, ihr Lehrer zu werden, damit sie ihren Freund retten kann. Gegen sein besseres Wissen stimmt Yashiro zu, und bald werden auch zwei andere Akademiestudenten an ihn herantreten: die sozial unbeholfene Yukine Indou und die Erbin Saera Kashiwagi Pendragon, die trotz ihres vornehmen Hintergrunds wie eine Kriminelle aussieht. Alle drei bestehen darauf, seine Schüler zu werden, und Yashiro willigt ein, sie hauptsächlich des Geldes wegen auszubilden.

Was folgt, ist eine schonungslose, bodenständige Ausbildung im Überleben. Yashiro lehrt die Mädchen keine heldenhaften Ideale, sondern die kalten, pragmatischen Techniken, die nötig sind, um in einer Welt zu überleben, in der Moral ein Luxus ist. Ihr erster großer Auftrag führt sie in das Territorium des Dämonenherren Amber Thorn Lord, um Saera zu retten, und setzt die Auszubildenden dem vollen Schrecken echter Gewalt aus. Yashiro zeigt, warum er der Schnitter genannt wird, indem er seine Fähigkeit einsetzt, seine subjektive Zeit zu verlängern – was hypergeschwinde Wahrnehmung und Reflexe ermöglicht – kombiniert mit westlicher und japanischer Schwertkunst. Aki, die Gedanken lesen kann, beginnt sich als Kämpferin zu entwickeln. Die Rettung gelingt, deckt aber tiefe Probleme in Saeras Familie auf und deutet auf Korruption innerhalb der Akademie hin.

Im Verlauf der Geschichte beginnen isolierte Vorfälle, sich zu einem größeren Muster zu verbinden. Die Dämonenherren bilden ein Bündnis und starten einen koordinierten Angriff auf die Akademie selbst, der unerfahrene Studenten überwältigt. Yashiro ignoriert organisatorische Befehle und reagiert mit gnadenloser Effizienz, während sein Verbündeter Ishinou, bekannt als die Spieluhr, brutale Strafen verhängt, die die Grenze zwischen Held und Schurke verschwimmen lassen. Die jungen Helden verfeinern ihre Kräfte, zahlen aber hohe Preise, und der Konflikt eskaliert zu einem offenen Krieg.

In den späteren Bänden findet Yashiro Beweise dafür, dass die Gründung der Akademie selbst ein Regierungsexperiment war, das dazu dienen sollte, die Ätherinteressen mächtiger Beamter im Bunde mit den Dämonenherren zu bedienen. Diese Enthüllung zerstört Akis Glauben an das System. Yashiro bietet keinen Trost; er sagt ihr, dass der Unterschied zwischen Abschaum und echten Helden darin liegt, was man tut, nachdem man die Wahrheit erfahren hat. Der Krieg gipfelt in einer direkten Konfrontation mit einem der furchterregendsten Dämonenherren Tokios, dem Sturmsarg-Herrn, dessen Fähigkeit zur Raummanipulation Yashiro an seine Grenzen bringt.

Die Serie folgt Yashiro und seinen drei Schülerinnen, während sie sich in einer Welt zurechtfinden, in der jede Institution kompromittiert ist und das Überleben davon abhängt, zu wissen, wann man die Regeln befolgt und wann man sie bricht.