Shinobu Shinobe ist ein schüchternes und gutherziges Oberschulmädchen, das ein Geheimnis birgt: Sie ist eine Nachfahrin des Kōga-Ninja-Clans. Ihre stille Welt gerät aus den Fugen, als ein neuer Mitschüler namens Saku Iga an ihre Schule kommt. Saku stammt aus dem verfeindeten Iga-Ninja-Dorf, und Shinobu fühlt sich trotz der historischen Feindschaft zwischen ihren Clans zunehmend zu ihm hingezogen.

Die Geschichte spielt in einer modernen Oberschule, in der uralte Ninja-Rivalitäten unter der Oberfläche des Alltags brodeln, und folgt Shinobus unbeholfenen und herzlichen Versuchen, Saku näherzukommen, während sie die Komplikationen ihres gemeinsamen Erbes meistert. Saku seinerseits scheint ebenfalls an ihr interessiert zu sein, doch beide werden durch Stolz, Tradition und die anhaltende Fehde zwischen Kōga und Iga behindert.

Während die beiden Teenager mit ihren Gefühlen kämpfen, entsteht ein ernsterer Konflikt um ein geheimes Iga-Dokument, das mit der alten Rivalität zusammenhängt. Dieser Handlungsstrang erreicht seinen Höhepunkt während des Schulfestes, wo das Paar sowohl der äußeren Bedrohung als auch ihrer gegenseitigen Zuneigung gegenübertreten muss. Der Manga umfasst zwei Bände und endet mit einer Auflösung, die ihre Romanze und die Clan-Spannungen zu einem befriedigenden Abschluss bringt.