Shiki, ein akademisch begabter, aber sozial schüchterner Oberschüler, wird gezwungen, sich an der St. Lukeman's Academy einzuschreiben, einer berüchtigten Schule, die von Kriminellen überrannt wird. Seine gutmütige Persönlichkeit macht ihn zu einem leichten Ziel, und er wird unerbittlich von Mitschülern unter der Führung des Schlägers Kawatou gemobbt, wobei er tägliche Prügel und Botengänge über sich ergehen lassen muss, um zu überleben. An einem Samstag wird Shiki Zeuge, wie Kawatous Bande ein jüngeres Mädchen namens Haruno Momozono mit einer aggressiven, fast entführungsähnlichen Methode belästigt. Obwohl verängstigt, greift Shiki ein, um sie zu beschützen, und wird dafür übel verprügelt. Gerade als die Situation eskaliert, wird er von Karin Kohinata gerettet, einer legendären Figur, die als Kaiserin bekannt ist und sowohl die Schönste als auch die stärkste Kämpferin der Schule ist. Haruno ist ihre Freundin. Beeindruckt von Shikis Mut, macht Karin ihm einen Vorschlag: Sie wird ihm das Kämpfen beibringen, und im Gegenzug wird er sie und ihre Freunde in ihren Studien unterrichten. Diese Vereinbarung verändert Shikis Nachmittagsleben völlig.

Shiki wird zu einer festen Größe in Karins Kreis und erhält intensive Kampfstunden von ihr und ihren anderen Gal-Delinquenten, jede mit ihren eigenen einzigartigen und oft peinlichen Lehrmethoden. Als er stärker wird, legt er allmählich seinen Opferstatus ab und gewinnt Respekt in der Unterwelt der Schule. Die Erzählung folgt Shikis Aufstieg vom Boden an die Spitze der gewalttätigen Hierarchie der Schule. Er besiegt Kawatou in einem Eins-gegen-Eins-Kampf und etabliert sich als glaubwürdige Kraft. Dieser Sieg zieht die Aufmerksamkeit größerer Fraktionen auf sich. Der erste große Handlungsbogen betrifft die Arai-Fraktion, die dominante Bande der Schule, die Karins Gruppe angreift, indem sie eine Schwäche ausnutzt. Shiki und Karins Crew müssen kämpfen, um ihren Platz und ihre Freunde zu schützen. Nachdem sie die Arai-Führung gestürzt haben, erlangt Shiki Berühmtheit, wird aber auch zu einem ständigen Ziel für Herausforderer. Dies führt direkt in den zweiten großen Handlungsbogen: die Entscheidungsschlacht der Stärksten im ersten Jahr, ein brutales Battle Royale, das von der gefährlichen Oberschülerin Akuri Kitou in einem verlassenen Krankenhaus veranstaltet wird. Shiki ist gezwungen, am Turnier teilzunehmen, um seine Gruppe zu schützen, und muss der widerstrebenden Haruno das Kämpfen beibringen, da auch sie in den Wettbewerb hineingezogen wird. Der letzte große Handlungsbogen eskaliert den Konflikt über die Schultore hinaus. Shikis Erfolg in der Untergrund-Kampfszene macht ihn zum Ziel einer halbkriminellen Organisation namens Aurum, die Karins Fraktion und die gesamte Schule bedroht. Um alle zu verteidigen, muss Shiki seine Höchstform erreichen und sich der Organisation in einem offenen Bandenkrieg stellen, der in einem entscheidenden Kampf gipfelt, der das Schicksal der Schule besiegelt. Die Serie endet damit, dass Shiki vollständig an die Spitze aufgestiegen ist, Stärke, Liebe und einen Ort gefunden hat, an den er gehört.