Takeru Narihira ist ein einsamer Wolf und delinquenter Oberschüler, der seine Tage mit Kämpfen verbringt und Freundschaften meidet. Er wird von einem wiederkehrenden Traum geplagt: Ein mysteriöses Mädchen, das von Monstern gejagt wird, rettet ihn stets. Er verliebt sich in sie und schwört bei ihrer 1.999. Begegnung, dass er sie beim nächsten Mal retten wird. Ein plötzlicher Motorradunfall schleudert Takeru eine Klippe hinunter. Als er das Bewusstsein wiedererlangt, findet er sich in Denji Heian-kyo wieder, einem bizarren Paralleluniversum, in dem das antike Heian-kyo mit futuristischer Technologie weiterentwickelt wurde. Dort existiert das Mädchen aus seinen Träumen, Tsukimiya, als reale Person – eine verehrte Tänzerin, bekannt als die Jahrtausendkünstlerin. Bevor Takeru seine Freude verarbeiten kann, senkt sich ein schwarzer Nebel namens Yamikaoru über die Stadt, versteinert die Bürger und entfesselt monströse Wesen, die als Oni bekannt sind. Nur Onmyoji – Zauberer, die mystische Shikigami-Rüstungen befehligen – können gegen sie kämpfen. Takeru entdeckt, dass er eine seltsame Verwandlungskraft besitzt, doch er und Tsukimiya werden von den Oni getötet. Dann erwacht er erneut in Denji Heian-kyo, diesmal zwei Wochen bevor der Nebel zum ersten Mal erschien. Als ihm klar wird, dass er in einer Zeitschleife gefangen ist, schwört Takeru, Tsukimiya zu beschützen und ein Onmyoji zu werden. Er sucht die Ausbildung unter Abe no Seimei, dem mächtigsten Onmyoji der Stadt, und stellt sich der Herausforderung, eine scheinbar festgelegte, tragische Zukunft zu ändern.

Die Handlung spielt in Denji Heian-kyo, einer visuell beeindruckenden Verschmelzung von Heian-Ästhetik und Cyberpunk-Technologie. Die Stadt wird von einer Hierarchie von Onmyoji beschützt, die Shikigami steuern – mechanische oder spirituelle Konstrukte, die ihre Kampffähigkeiten verstärken. Der zentrale Konflikt dreht sich um die wiederkehrenden Yamikaoru-Katastrophen und die daraus entstehenden Oni, doch als Takeru mehrfach durch die Zeitschleife geht, deckt er eine tiefere Verschwörung auf: Die Welt selbst ist eine konstruierte Bühne für ein wiederholtes Ritual namens Hundertjähriges Pandämonium, orchestriert von Seimei aus Gründen, die mit einem 1.000 Jahre alten Ereignis verbunden sind. Takerus sture, ehrenhafte Persönlichkeit treibt ihn dazu, sich diesem vorbestimmten Kreislauf zu widersetzen, selbst als die Wahrheit hinter Denji Heian-kyo – und Tsukimiyas eigene Rolle – düsterer wird.

Zu den Hauptfiguren gehören Takeru Narihira, ein heißblütiger Delinquent mit einem starken Gerechtigkeitssinn und einer hingebungsvollen Treue zu Tsukimiya; Tsukimiya, eine anmutige, aber rätselhafte Tänzerin, die mit den Kerngeheimnissen der Stadt verbunden zu sein scheint; Abe no Seimei, der ruhige, berechnende Top-Onmyoji, der Takeru zunächst ausbildet, aber die düsteren Geheimnisse der Welt verbirgt; Atsunaga, ein ernster Elite-Onmyoji, der zu Takerus Rivalen und Trainingspartner wird; und Yura, eine hitzköpfige, kampforientierte Onmyoji, die sich mit Atsunaga zusammentut. Zu den Nebenfiguren gehören die Zwillingsgenies Shino und Kazura sowie das Duo Iruka und Kajiki, das auf rohe Gewalt setzt.

Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen Takerus erste versehentliche Zeitschleife und seinen anfänglichen Tod, seinen Trainingsbogen unter Seimeis harter Anleitung, seine erste Kontrolle über die berserkerhafte „Yasha-Maske“-Kraft während des Hundertjährigen Pandämoniums, die Enthüllung, dass Denji Heian-kyo eine versiegelte Welt ist, in der sich die Zeit wiederholt, und den letzten Kampf, in dem Takeru und ein verbündeter Seimei einer verwandelten Tsukimiya gegenüberstehen, die zu einem Avatar des „Großen Zeitvogels“ geworden ist, der Möglichkeiten auslöscht, um eine einzige vorbestimmte Zukunft durchzusetzen. Die Geschichte gipfelt darin, dass Takeru beweist, dass die Zukunft durch puren Willen umgeschrieben werden kann, den Kreislauf durchbricht und einen neuen Weg bahnt.