Takeru Narihira ist ein einzelgängerischer Delinquent, der seine Tage mit Kämpfen verbringt und Verbindungen zu anderen meidet. Die einzige Ausnahme ist das rätselhafte Mädchen, das in seinen wiederkehrenden Träumen erscheint und ihn stets vor furchterregenden Monstern rettet. In der Nacht ihres 1.999. Traumtreffens schwört er, dass er beim nächsten Mal derjenige sein wird, der sie beschützt.

Ein plötzlicher Motorradunfall stürzt Takeru eine Klippe hinab, doch er stirbt nicht. Stattdessen erwacht er in einer bizarren, futuristischen Version der alten japanischen Hauptstadt: Denji Heian-kyo. Diese Stadt ist eine seltsame Verschmelzung der Heian-Ära mit Hightech, in der Mystik und Zauberei alltäglich sind. Zu seinem Entsetzen ist das Mädchen aus seinen Träumen real und lebt in dieser Welt. Ihr Name ist Tsukimiya, doch sie erkennt ihn nicht.

Takerus Freude über die schicksalhafte Begegnung währt nur kurz. Ein tödlicher schwarzer Nebel senkt sich über die Stadt, versteinert die Bürger und entfesselt monströse Wesen, bekannt als Oni. Die Einzigen, die gegen diese Kreaturen kämpfen können, sind die Onmyoji, Zauberer, die mächtige magische Mecha-Konstrukte namens Shikigami steuern. Takeru entdeckt, dass er eine seltsame Resistenz gegen den Nebel besitzt und eine verborgene Kraft erweckt, doch das reicht nicht aus. Im folgenden Chaos werden sowohl er als auch Tsukimiya getötet.

Anstatt zu sterben, öffnet Takeru seine Augen erneut in Denji Heian-kyo, zwei Wochen vor dem Angriff. Er ist in der Zeit zurückgereist und hat alle Erinnerungen an seinen vorherigen Tod bewahrt. Er schwört, das Schicksal herauszufordern und Tsukimiya zu retten, sucht den legendären Abe no Seimei, den Anführer der Onmyoji, auf und bittet darum, in der Kunst des Onmyou-Jutsu ausgebildet zu werden.

Während Takeru neben Elite-Onmyoji wie dem strengen aber talentierten Atsunaga und der rauen aber gutherzigen Yura trainiert, lernt er schnell, dass die Zukunft zu ändern nicht einfach ist. Er stirbt mehrmals, wobei jeder Fehlschlag ihn zu seinem Ankunftspunkt in der Stadt zurückbringt. Mit jeder Schleife deckt er mehr von Denji Heian-kyos dunklen Geheimnissen auf. Die Oni-Bedrohung ist nicht das, was sie scheint, und Abe no Seimei verfolgt eine versteckte Agenda. Die Stadt entpuppt sich als eine von hundert Parallelwelten, die in einer Taschendimension existieren und alle heimlich in einem brutalen Krieg gegeneinander antreten, um ihre Kampftechnologie weiterzuentwickeln. Seimei orchestriert die wiederholte Zerstörung dieser Welten, um eine Waffe zu schaffen, die einer noch größeren existenziellen Bedrohung gewachsen ist. Tsukimiya selbst wird als digitalisiertes Bewusstsein enthüllt, das die Erinnerungen all ihrer alternativen Selbst erlebt.

Im Laufe der Serie verwandelt sich Takeru von einem einfachen Delinquenten in einen entschlossenen Krieger, der die moralische Zweideutigkeit seiner Verbündeten konfrontieren muss. Die Erzählung schreitet fort vom anfänglichen Kampf ums Überleben gegen Monster hin zu einem Kampf gegen das System der Stadt selbst. Wichtige Handlungsbögen umfassen Takerus anfängliches Training und Integration in die Reihen der Onmyoji, die Enthüllung des Hundertjährigen Pandämoniums, das die Welt zurücksetzt, die schockierende Wahrheit über das Wesen der Oni und die finale Konfrontation, in der Takeru nicht nur kämpfen muss, um Tsukimiya zu retten, sondern auch, um den Kreislauf des Völkermords über die Parallelwelten hinweg zu durchbrechen. In den klimaktischen Episoden stellt sich Takeru Abe no Seimei in einem Kampf der Ideologien und strebt letztlich danach, einen neuen Weg jenseits der endlosen Schleifen und des konstruierten Schicksals zu schmieden.