Tsugumu Ichimonji, ein weltbekannter Leibwächter im Highschool-Alter, wechselt auf einen verdeckten Auftrag an eine japanische Highschool. Seine Mission ist es, Himeru Kokoro, die Tochter eines wohlhabenden Magnaten, ohne ihr Wissen zu beschützen. Eines Tages folgt er ihr auf das Dach und wird Zeuge einer Feuerwand und eines riesigen Drachen, wobei Himeru in der Mitte steht. Sie versichert ihm beiläufig, dass sie immun gegen Feuer ist. Himeru ist die Reinkarnation eines Helden aus einer anderen Welt, und Tsugumu schwört, ihr Geheimnis zu bewahren. Aber ihre Geheimnisse hören damit nicht auf. Jede neue Enthüllung zieht ihn tiefer in ein chaotisches Gemisch aus Schulleben, Fantasy, Science-Fiction, Spionage-Action, Idol-Kultur, Roboter-Schlachten, Gerichtsdrama, Horror und Magical-Girl-Eskapaden. Als ein kurzstrecken-teleportierender Delinquent namens Majima mit einer persönlichen Abneigung gegen Himeru auftaucht, startet die radikale Fraktion der Galaktischen Imperiumsrepublik eine großangelegte Invasion mit einem riesigen humanoiden Roboter. Die Geschichte enthüllt später, dass Himeru auch eine Phantom-Bestien-Beschützerin ist; sie, Tsugumu und Majima gewähren einem Phönix Unterschlupf, während sie sich gegen Halbmenschen-Jäger verteidigen. Tsugumu wird dann gewaltsam in die andere Welt Sarainen transportiert, wo er vor eine Gottheit gebracht wird. Im Laufe der Serie erweitern sich Himerus Geheimnisse um ihre frühere Identität als Göttin, und der letzte Handlungsbogen stellt die Gruppe gegen die ehemalige Göttin Shiruta und den manipulativen Magier Mone-gata aus der ursprünglichen Heldengruppe, deren wahre Motive Welten umspannen. Die Serie endet, als alle Schichten von Himerus Geheimnissen zusammenlaufen.