Ein telepathischer Junge namens Kōtarō, einst als schönster Junge des Jahrtausends bekannt, verursachte als Kind einen legendären Vorfall während einer Live-Fernsehübertragung. Zehn Jahre später trifft die Oberschülerin Ikeda Minori auf ihn und fühlt sich zu seinem freundlichen und coolen Auftreten hingezogen, ohne das tiefe Geheimnis zu ahnen, das er in sich trägt. Die Geschichte spielt in einer modernen japanischen Oberschule, wo Kōtarō und Minori dem Club zur Erforschung übernatürlicher Phänomene beitreten, der von dem exzentrischen älteren Schüler Kajii Keiji und seiner ruhigen Kindheitsfreundin Matsushita Maka geleitet wird. Als Minori sich verliebt, beginnt sie zu spüren, dass etwas mit Kōtarō nicht stimmt, der zu wissen scheint, was sie denkt, bevor sie spricht. Die Erzählung enthüllt langsam, dass Kōtarō nicht nur ein Telepath ist, sondern auch die Fähigkeit besitzt, Erinnerungen zu manipulieren und zu löschen. Eine andere Telepathin, Maka, warnt Minori zunächst davor, Kōtarō zu vertrauen, angetrieben von ihren eigenen traumatischen Erfahrungen mit dieser Fähigkeit. Ein großer Handlungsbogen dreht sich um einen problembelasteten älteren Schüler namens Kawamoto und ein beliebtes Paar auf dem Campus, was dazu führt, dass Minori entdeckt, dass Kōtarōs Vergangenheit eine traumatische Begegnung mit einem älteren Telepathen namens Haruki beinhaltet, der Selbstmord beging, als sie Kinder waren. Um Minori vor diesem Schrecken zu schützen, löschte Kōtarō ihre Erinnerung an das Ereignis und daran, ihn je getroffen zu haben – die zentrale „Lüge“ des Titels. In den späteren Teilen der Geschichte verschlechtert sich Kōtarōs Telepathie zu einem gefährlichen neurologischen Zustand, der sein Leben bedroht. Er reist zur Behandlung in die Vereinigten Staaten, begleitet von Maka, während Minori auf ihn wartet. Nach Jahren der Trennung kehrt Kōtarō zurück, angeblich geheilt, aber es stellt sich heraus, dass sich seine Kräfte stattdessen zu einer fortgeschritteneren Form entwickelt haben. Er und Maka täuschen das Forschungsteam, um seine Freiheit zu sichern. Zurück in Japan entscheidet sich Kōtarō, Minori weiterhin über seine verbleibenden Fähigkeiten zu belügen, und führt mit ihr ein scheinbar normales Leben, während er sie still vor der Wahrheit schützt. Die Geschichte endet mit dem Thema, dass seine gesamte Existenz eine schützende Lüge war und er diese Lüge für immer tragen wird, um ihr Glück zu bewahren.