Reon, ein Mittelschüler, zieht nach dem Tod seiner Mutter auf die Insel Tsukito. Die Insel ist eine kleine, abgeschiedene Gemeinschaft, in der seine Mutter geboren wurde. Dort trifft er wieder auf seine Kindheitsfreundin Rinko, die Tochter der reichsten Familie der Insel, die eine angehende Schreinjungfer der Familie Shuto ist. Rinko besitzt übernatürliche Kräfte, vor allem die Fähigkeit zu fliegen, was Reon in Erstaunen versetzt. Ihre wiederaufgelebte Freundschaft nimmt jedoch eine Wendung, als Rinko ein schockierendes Geständnis macht: Als Schreinjungfer der Insel ist sie durch einen Fluch an die Insel gebunden – sie kann Tsukito nicht verlassen, sonst stirbt sie. Reon ist tief betroffen und schwört, einen Weg zu finden, ihr Schicksal zu brechen und sie nach Tokio zu bringen, wie er es ihr in ihrer Kindheit versprochen hatte.

Die Geschichte spielt auf der Insel Tsukito, einem Ort voller Tradition und Geheimnisse. Die Bewohner der Insel sind Reon gegenüber im Allgemeinen freundlich, bleiben aber Fremden gegenüber misstrauisch. Die lokale Folklore und die Geschichte der Götter stehen im Mittelpunkt des Konflikts. Eine sprechende Tonfigur erscheint, und während des abendlichen Festes auf der Insel ereignet sich ein Vorfall, der Reon dazu bringt, jemanden zu treffen, der mit den tieferen Geheimnissen der Insel verbunden ist. Rinkos Tante Risako, die starb, als sie versuchte, die Insel zu verlassen, und zu einer tabuisierten Figur wurde, kehrt als Geist zurück, der eine hasenförmige Tonfigur bewohnt, und sorgt für Unruhe, während sie gleichzeitig auf gefährliche Wahrheiten hinweist. Später taucht ein mysteriöses Mädchen namens Metori auf, das behauptet, den Mondhasen zu überwachen, und der wahre Zweck von Risako – die durch das Ritual der Insel versiegelt wurde – kommt ans Licht. Reon verfolgt den Schlüssel zur Aufhebung des Fluchs, das Mondhase Kaitai no Sho, das in einer unerwarteten Form erscheint. In der Zwischenzeit beginnt Rinko selbst, Veränderungen zu durchleben. Während sich die Geheimnisse häufen, stellen sich der Junge und das Mädchen der uralten Geschichte der Insel und dem Erbe der Götter.