Im Jahr 2024 wurde die Erde durch eine Kaskade kosmischer Katastrophen verwüstet: den Fall von Fragmenten eines schwarzen Kometen, Schauer kosmischer Strahlung und die Annäherung eines mobilen Schwarzen Lochs. Die Zivilisation ist zusammengebrochen, und die verbliebenen Überreste der Menschheit werden systematisch von einer Militärorganisation namens Trader Force unterjocht, angeführt von der rätselhaften Frau Königin Photon. Zu den Überlebenden gehört Tetsuro Daiba, ein gewöhnlicher Schüler im Bezirk Nerima in Tokio, der versucht, sein Leben nach dem Verlust seiner Eltern durch den Meteoreinschlag wieder aufzubauen.

Eines Tages erscheint eine mysteriöse Frau namens Mellow in einem Lichtblitz vor Tetsuro. Sie ist eine Abgesandte des fernen Planeten Svan, die geschickt wurde, um die Erde wiederherzustellen. Mellow enthüllt, dass eine Substanz namens Danasit, die die biologische Evolution auf Svan beeinflusst, sich mit dem mobilen Schwarzen Loch verhedderte und zur Erde getragen wurde, wo sie den schwarzen Kometen bildete. Beim Einschlag verwandelte sie bestimmte Menschen in Danasighter, Wesen, die die Zeitachse ihrer eigenen DNA frei manipulieren können und Erinnerungen und Fähigkeiten aus vergangenen, gegenwärtigen und zukünftigen genetischen Linien erwecken. Tetsuro ist ein solches Individuum, und Mellow führt ihn dazu, diese verborgenen Kräfte zu entfesseln.

Tetsuro wird bald von der Trader Force gefangen genommen und an Bord einer ihrer Festungen gebracht, entkommt jedoch, indem er instinktiv ein Kampfflugzeug steuert und dabei auf Pilotenfähigkeiten zurückgreift, die in seiner DNA-Erinnerung kodiert sind. Während seiner Flucht wird er von Rei Yuuki unterstützt, einem Mädchen, das dieselben außergewöhnlichen Fähigkeiten besitzt und mit einem einzigen Flugzeug einen feindlichen Träger zerstört. Rei und Tetsuro sind zusammen mit einer telepathischen Katze namens Mi die einzigen bekannten Überlebenden des Meteoreinschlags und die einzigen erwachten Danasighter. Ihre Kräfte machen sie zu Zielen sowohl der Trader Force, die sie kontrollieren will, als auch der mysteriösen Kräfte hinter der Zerstörung der Erde.

Während Tetsuro und seine Gefährten nach Antworten suchen, werden sie vor Königin Photon gebracht, die behauptet, die Erde vor den Wesen zu schützen, die den Meteor geschickt haben. Ihre Motive bleiben unklar, und die jungen Danasighter müssen entscheiden, ob sie ihr vertrauen oder Mellow folgen sollen. Ihre Reise führt sie an Bord eines mysteriösen Raumschiffs in den Erdmantel, wo sie der Trader Force gegenübertreten, auf bizarre Hybridlebewesen aus evolvierten Reptilien und Insekten stoßen und letztendlich vor einer Wahl stehen, die die Zukunft ihrer Art bestimmen wird. Der Manga zeichnet ihren Kampf nach, ihre eigene Evolution zu verstehen und ob ihre neuen Kräfte einen Weg bieten, eine sterbende Welt zu retten oder sie zu zwingen, sie für die unbekannten Tiefen des Weltraums zurückzulassen.