Little Little begleitet den Alltag von Komaki, einem kleinen und ständig ängstlichen Oberschulmädchen, das sich neben ihren größeren, selbstbewussteren Mitschülerinnen unsichtbar fühlt. Ihre Welt gerät aus den Fugen, als sie Tsutomu trifft, einen ebenfalls kleinwüchsigen Jungen in ihrem Jahrgang, der sich mit unerschütterlichem, fast trotzigem Stolz präsentiert. Trotz seiner Größe ist Tsutomu extrem wettbewerbsorientiert, direkt und entschuldigt sich nie für das, was er ist, was Komaki sowohl einschüchtert als auch fasziniert. Der Manga spielt in einer zeitgenössischen japanischen Vorstadt, wobei die Szenen zwischen den Gängen ihrer Oberschule, der örtlichen Spielhalle, in der Tsutomu bei Kampfspielen dominiert, und der ruhigen Parkbank, auf der Komaki oft allein zu Mittag isst, wechseln.

Der zentrale Konflikt entsteht aus Komakis verzweifeltem Wunsch, sich zu verändern, im Gegensatz zu Tsutomus Philosophie, dass man sich niemals verkleinern sollte, um den Erwartungen anderer zu entsprechen. Ihre Beziehung beginnt als unbeholfene, von Reibungen geprägte Bekanntschaft, vertieft sich aber allmählich zu einer zarten Romanze, die auf gegenseitiger Anerkennung beruht. Komaki beginnt, Tsutomu in die Spielhalle zu begleiten, wo sie lernt, dass sein Wettbewerbsgeist ein Schutzschild gegen jahrelange Unterschätzung ist. Währenddessen entdeckt Tsutomu, dass Komakis Stille einen scharfen, beobachtenden Witz und ein verstecktes Zeichentalent verbirgt, das sie aus Angst vor Spott geheim gehalten hat.

Ein wichtiger Handlungsbogen dreht sich um das Kulturfest der Schule, bei dem Komaki von ihrer Klasse unter Druck gesetzt wird, an einer auf Größe basierenden Comedy-Skizze teilzunehmen, die kleine Menschen verspottet. Tsutomus wütende Weigerung, dies zuzulassen, zwingt Komaki, sich ihrer eigenen Mitschuld an Selbstironie zu stellen. Ein weiterer zentraler Bogen konzentriert sich auf Tsutomus entfremdeten älteren Bruder, einen großen, erfolgreichen Universitätsstudenten, der nach Hause zurückkehrt und Tsutomus Leistungen offen herabsetzt, was Tsutomus tiefsitzende Unsicherheit, als geringer angesehen zu werden, neu entfacht. Komaki wiederum muss entscheiden, ob sie ihn unterstützen will, indem sie endlich ihre Kunstwerke in einem örtlichen Café ausstellt und damit öffentliche Kritik riskiert.

Die Geschichte führt auch ein zweites Paar ein: Komakis beste Freundin Yuki, ein großes Mädchen, das Komakis niedliche Kleinheit beneidet, und Tsutomus Rivalen Ikeda, einen schlaksigen Basketballspieler, der sie zunächst verspottet, aber später widerwilligen Respekt für Tsutomus Zähigkeit entwickelt. Ihr Nebenstrang zieht sich durch die Haupthandlung und stellt verschiedene Formen von Körperbild und sozialem Druck gegenüber. Im Verlauf des Mangas lernt Komaki, sich auf kleine, aber bedeutungsvolle Weise zu behaupten, etwa indem sie im Unterricht ihre Meinung sagt und Tsutomu gegen eine herablassende Bemerkung eines Lehrers verteidigt. Tsutomu hingegen mildert seine schroffe Art und gibt zu, dass er andere nicht als Gegner, sondern als Verbündete braucht. Der Höhepunkt erreicht das letzte Schulsportfest, bei dem Tsutomu und Komaki gezwungen sind, gemeinsam an einem Dreibeinlauf teilzunehmen. Ihr Sieg besteht nicht darin, den ersten Platz zu belegen, sondern darin, das Rennen in ihrem eigenen Tempo zu absolvieren, stolpernd und lachend, ohne sich ein einziges Mal für ihre Größe zu entschuldigen. Die Geschichte endet damit, dass Komaki ihr Skizzenbuch bei einem Jugendkunstwettbewerb einreicht – nicht zur Bestätigung, sondern als dauerhafte Aufzeichnung des Jahres, in dem sie aufhörte, im Geiste klein zu sein.