"Charlotte (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie, die von Jun Maeda geschrieben wurde. Die Handlung spielt in einer Welt, in der einige Jugendliche während der Pubertät übernatürliche Fähigkeiten entwickeln. Diese Kräfte sind jedoch nur vorübergehend und verschwinden, sobald die Träger das Erwachsenenalter erreichen. Die Geschichte konzentriert sich auf Yuu Otosaka, einen scheinbar gewöhnlichen Schüler, der die Fähigkeit besitzt, für fünf Sekunden den Körper einer anderen Person zu übernehmen. Yuu nutzt diese Fähigkeit zunächst, um sein Schulleben zu manipulieren und gute Noten zu erzielen, ohne sich um die Konsequenzen zu kümmern.

Yuus Leben ändert sich jedoch, als er auf Nao Tomori trifft, eine Schülerin, die die Fähigkeit besitzt, für andere unsichtbar zu werden. Nao ist Mitglied der Schülerratspräsidentin der Hoshinoumi Academy, einer Schule, die speziell für Jugendliche mit übernatürlichen Kräften eingerichtet wurde. Sie entlarvt Yuus Fähigkeit und zwingt ihn, der Schule beizutreten und sich ihrer Gruppe anzuschließen, die darauf spezialisiert ist, andere Jugendliche mit gefährlichen oder missbrauchten Fähigkeiten aufzuspüren und zu schützen.

Im Verlauf der Geschichte wird Yuu in verschiedene Missionen verwickelt, bei denen er auf andere Jugendliche mit einzigartigen Fähigkeiten trifft, darunter Jōjirō Takajō, der sich mit hoher Geschwindigkeit bewegen kann, und Yusa Nishimori, die mit Geistern kommunizieren kann. Die Gruppe arbeitet zusammen, um diejenigen zu retten, die aufgrund ihrer Kräfte in Gefahr geraten sind, sei es durch Ausbeutung, Missbrauch oder ihre eigenen unkontrollierten Fähigkeiten.

Im Hintergrund der Handlung wird eine größere Verschwörung aufgedeckt, die mit der Erforschung und Ausbeutung dieser übernatürlichen Fähigkeiten durch eine mysteriöse Organisation zusammenhängt. Yuu und seine Freunde müssen sich dieser Bedrohung stellen, während sie gleichzeitig mit ihren eigenen persönlichen Herausforderungen und emotionalen Konflikten kämpfen. Die Geschichte thematisiert Themen wie Verantwortung, Verlust und die Suche nach einem Sinn im Leben, während die Charaktere mit den Konsequenzen ihrer Fähigkeiten und Entscheidungen konfrontiert werden.

Die Handlung nimmt im weiteren Verlauf eine dramatische Wendung, als Yuu eine schwere Entscheidung treffen muss, die nicht nur sein eigenes Schicksal, sondern auch das seiner Freunde und der gesamten Welt beeinflusst. Die Geschichte endet mit einer Mischung aus Hoffnung und Melancholie, während die Charaktere versuchen, in einer Welt weiterzuleben, die sowohl von Wundern als auch von Tragödien geprägt ist.