Ein Mann und eine Frau unterschiedlichen Alters werden von einem Zug getötet, ihre Köpfe auf dieselbe grausame Weise zermalmt. Der Vorfall wird als bizarrer Doppelselbstmord eingestuft, aber der Oberschüler Makoto, dessen älterer Bruder eines der Opfer war, weigert sich, diese Erklärung zu akzeptieren. Bald trifft er Hoshi Ichi, einen kleinen Jungen, der bei demselben Ereignis seine Mutter verloren hat, und die beiden erkennen, dass die Todesfälle mit einer geheimen Organisation verbunden sind. Als sie tiefer graben, entdecken sie die Existenz einer seltsamen, außerirdischen Entität namens SAI, die die Organisation offenbar manipuliert. Makoto und Hoshi Ichi werden überzeugt, dass ihre Verwandten keine Selbstmorde begangen haben, sondern absichtlich getötet wurden – möglicherweise durch den Einfluss von SAI. Die Geschichte entfaltet sich über einen einzigen Sommer, während die beiden Jungen die Organisation untersuchen, der Wahrheit hinter den Todesfällen nachgehen und sich der mysteriösen Figur stellen, die als SAI-Kontrolleur bekannt ist, einem Mann namens Saitama. Ihre Verfolgung führt sie zu einem Universitätsprofessor, der einst an der SAI-Forschung mitgearbeitet hat, aber als sie der Wahrheit nahe kommen, entdecken sie, dass sowohl Makoto als auch Hoshi Ichi selbst von SAI infiziert wurden, was sie auf dieselbe tödliche Bahn bringt wie ihre verlorenen Familienmitglieder. Die Serie endet damit, dass die Jungen darum kämpfen, einen Weg zu finden, die Infektion zu stoppen und die Organisation zu Fall zu bringen, bevor sie dasselbe Schicksal erleiden.