"Bugbuster (Manga)" spielt in einer Welt, in der Insektenmutanten, sogenannte Bugs, eine Bedrohung für die Menschheit darstellen. Die Handlung dreht sich um eine spezielle Einheit, die Bugbuster, deren Aufgabe es ist, diese gefährlichen Kreaturen zu bekämpfen und die Bevölkerung zu schützen. Die Bugbuster sind mit fortschrittlicher Technologie und Waffen ausgestattet, die speziell für den Kampf gegen die Bugs entwickelt wurden.

Die Hauptfigur ist ein junger Bugbuster namens Kakeru, der sich durch seinen Mut und seine Entschlossenheit auszeichnet. Kakeru wird von einem Team begleitet, zu dem unter anderem die erfahrene Kämpferin Rina und der technisch versierte Shinji gehören. Jeder Charakter bringt einzigartige Fähigkeiten und Persönlichkeiten in die Gruppe ein, was zu dynamischen Interaktionen und strategischen Zusammenarbeiten führt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Missionen, bei denen die Bugbuster gegen immer stärkere und intelligente Bugs antreten. Dabei werden nicht nur die physischen Fähigkeiten der Charaktere auf die Probe gestellt, sondern auch ihre moralischen und emotionalen Grenzen. Im Laufe der Geschichte werden Hintergründe und Motivationen der Bugs sowie die Ursprünge ihrer Mutationen enthüllt, was die Komplexität der Bedrohung verdeutlicht.

Ein zentrales Thema ist der Konflikt zwischen Mensch und Natur, wobei die Bugs oft als Folge menschlicher Fehler oder Experimente dargestellt werden. Die Charaktere müssen sich mit den Konsequenzen dieser Handlungen auseinandersetzen und Entscheidungen treffen, die sowohl ihre eigene Sicherheit als auch das Wohl der Menschheit betreffen. Die Handlung ist geprägt von Action, Spannung und gelegentlichen Momenten der Reflexion über die Beziehung zwischen Mensch und Umwelt.