"Gomen ne, Maria-sama" ist eine Manga-Serie, die in einer katholischen Mädchenschule namens Lillian Girls' Academy spielt. Die Geschichte dreht sich um die Schülerinnen, die Teil der sogenannten "Yamayuri Council" sind, einer Gruppe von Mädchen, die als Schwesternpaare fungieren und die Traditionen der Schule bewahren. Die Handlung konzentriert sich auf die Beziehungen und Entwicklungen dieser Schülerinnen, insbesondere auf die Dynamik zwischen den älteren "Schwestern" (sœurs) und ihren jüngeren "Kleinen Schwestern" (petites sœurs).

Die Protagonistin Yumi Fukuzawa, eine schüchterne und unsichere Schülerin, wird unerwartet von Sachiko Ogasawara, einer eleganten und beliebten Schülerin, als ihre petite sœur ausgewählt. Diese Entscheidung löst eine Reihe von Ereignissen aus, die Yumis Leben und ihre Beziehung zu Sachiko sowie zu anderen Mitgliedern des Yamayuri Councils prägen. Die Serie erkundet die komplexen Emotionen, Erwartungen und Herausforderungen, die mit diesen Beziehungen einhergehen, sowie die Bedeutung von Freundschaft, Loyalität und Selbstfindung.

Weitere zentrale Figuren sind unter anderem Sei Satou, eine ruhige und mysteriöse Schülerin, die eine enge Bindung zu ihrer petite sœur Shimako Toudou hat, sowie Yoshino Shimazu und Rei Hasekura, deren Freundschaft und Rivalität eine wichtige Rolle spielen. Die Handlung entwickelt sich durch alltägliche Schulaktivitäten, Festivals und persönliche Konflikte, die die Charaktere näher zusammenbringen und ihre individuellen Wachstumsprozesse verdeutlichen.

Die Serie thematisiert auch die Traditionen und Rituale der Schule, wie das jährliche Rosenfest, bei dem die Schülerinnen ihre Bindungen als Schwesternpaare bekräftigen. Diese Rituale dienen als Hintergrund für die emotionalen Höhepunkte der Geschichte und unterstreichen die Bedeutung von Gemeinschaft und Zusammenhalt in der Lillian Girls' Academy. "Gomen ne, Maria-sama" bietet eine einfühlsame Darstellung von Freundschaft, Identität und den Herausforderungen des Heranwachsens in einem strengen, aber liebevollen Umfeld.