"Mitokon (Manga)" erzählt die Geschichte von Tsubaki, einem jungen Mann, der in einer Welt lebt, in der Menschen und Yokai, japanische Geisterwesen, nebeneinander existieren. Tsubaki ist ein Nachkomme einer Familie von Yokai-Jägern, die seit Generationen dafür verantwortlich sind, die Balance zwischen den Welten der Menschen und der Yokai aufrechtzuerhalten. Obwohl er aus einer traditionsreichen Familie stammt, hat Tsubaki selbst keine besonderen Fähigkeiten oder Kräfte, was ihn zu einem Außenseiter in seiner eigenen Familie macht.

Die Handlung beginnt, als Tsubaki auf eine mysteriöse Yokai namens Kon trifft, die sich als freundlich und hilfsbereit erweist, im Gegensatz zu den gefährlichen Yokai, die er von den Geschichten seiner Familie kennt. Kon ist ein sogenannter "Mitokon", eine seltene Art von Yokai, die die Fähigkeit besitzt, sich in menschliche Form zu verwandeln und mit Menschen zu interagieren. Durch die Begegnung mit Kon beginnt Tsubaki, seine Vorurteile gegenüber Yokai zu hinterfragen und die komplexe Beziehung zwischen Menschen und Yokai zu erkunden.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich eine enge Freundschaft zwischen Tsubaki und Kon, während sie gemeinsam verschiedene Abenteuer bestehen und sich mit anderen Yokai und Yokai-Jägern auseinandersetzen. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lassen. Tsubaki muss lernen, seine eigene Identität zu finden und sich zwischen den Erwartungen seiner Familie und seinen eigenen Überzeugungen zu entscheiden.

Die Charaktere sind vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Handlung weiter. Tsubaki steht im Mittelpunkt der Geschichte, während Kon als Gegenpol fungiert, der Tsubakis Weltanschauung herausfordert und erweitert. Neben den beiden Hauptfiguren gibt es eine Reihe von Nebencharakteren, darunter andere Yokai-Jäger, Yokai mit unterschiedlichen Absichten und menschliche Charaktere, die die Handlung bereichern.

Die Handlung ist geprägt von Themen wie Identität, Vorurteilen und der Suche nach Verständnis zwischen verschiedenen Welten. Die Beziehung zwischen Menschen und Yokai wird immer wieder auf die Probe gestellt, wobei die Geschichte sowohl humorvolle als auch ernste Momente bietet. "Mitokon (Manga)" ist eine Mischung aus Action, Drama und Fantasy, die durch ihre Charakterentwicklung und die komplexe Welt, in der sie spielt, besticht.