"Kingdom Hearts: 358/2 Days (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Videospiels und spielt im erweiterten Universum der "Kingdom Hearts"-Reihe. Die Handlung konzentriert sich auf Roxas, ein Mitglied der Organisation XIII, einer Gruppe von Nobodies, die versuchen, ihre verlorenen Herzen wiederzuerlangen. Roxas wird in die Organisation aufgenommen und beginnt, als Schlüsselblutkämpfer zu arbeiten, während er gleichzeitig versucht, seine eigene Identität und Vergangenheit zu verstehen.

Die Geschichte beginnt mit Roxas' Erwachen in der Organisation XIII, wo er auf Xion trifft, ein weiteres Mitglied, das ebenfalls eine Schlüsselblutkämpferin ist. Zusammen mit Axel, einem erfahrenen Mitglied der Organisation, bilden die drei ein enges Team und verbringen ihre Tage damit, Missionen zu erledigen und die Welt zu erkunden. Im Laufe der Zeit entwickelt sich eine tiefe Freundschaft zwischen Roxas, Xion und Axel, die jedoch durch die Geheimnisse und Zwänge der Organisation getestet wird.

Roxas beginnt, sich zunehmend über seine Existenz und seine Rolle in der Organisation zu hinterfragen. Er erlebt Visionen von Sora, dem ursprünglichen Träger der Schlüsselblut, und spürt, dass seine eigene Identität eng mit Soras Schicksal verknüpft ist. Xion, die ebenfalls mit ihrer eigenen Identität kämpft, wird zunehmend schwächer, da ihre Existenz eng mit Roxas verbunden ist. Die Beziehung zwischen den beiden wird immer komplexer, als Xion beginnt, sich in Roxas' Erinnerungen einzumischen.

Die Spannungen innerhalb der Organisation XIII nehmen zu, als die wahren Absichten ihrer Anführer ans Licht kommen. Roxas und Xion erfahren, dass sie nur Werkzeuge sind, um Soras Macht zu nutzen und die Organisation zu stärken. Diese Erkenntnis führt zu einem inneren Konflikt bei Roxas, der sich zwischen seiner Loyalität zur Organisation und seinem Wunsch nach Freiheit und Selbstbestimmung entscheiden muss.

Die Handlung gipfelt in einem emotionalen Höhepunkt, als Roxas und Xion gezwungen sind, sich gegenseitig zu bekämpfen, um ihre eigene Existenz zu sichern. Xion opfert sich schließlich, um Roxas zu ermöglichen, seine eigene Identität zu finden und sich von der Organisation zu lösen. Roxas verlässt daraufhin die Organisation XIII und begibt sich auf eine Reise, um die Wahrheit über sich selbst und seine Verbindung zu Sora zu erfahren.

Die Geschichte endet mit Roxas' Entscheidung, sich Soras Herz anzuschließen, wodurch er seine eigene Existenz aufgibt, um Sora zu stärken und ihm zu helfen, seine Mission fortzusetzen. Die Beziehung zwischen Roxas, Xion und Axel bleibt ein zentrales Thema, das die emotionalen und moralischen Konflikte der Charaktere verdeutlicht.