"A-Girl (Manga)" handelt von der Protagonistin Aiko, einer jungen Frau, die in einer dystopischen Zukunft lebt, in der die Gesellschaft von einer strengen Hierarchie und technologischen Kontrolle geprägt ist. Aiko, die als einfache Arbeiterin in einer Fabrik beschäftigt ist, entdeckt eines Tages, dass sie über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügt, die sie von anderen unterscheiden. Diese Fähigkeiten, die sie selbst zunächst nicht versteht, ziehen die Aufmerksamkeit sowohl der Regierung als auch einer Untergrundbewegung auf sich.

Die Regierung, die von einer mysteriösen Organisation namens "The Core" kontrolliert wird, sieht in Aiko eine potenzielle Bedrohung für ihre Machtstruktur und versucht, sie zu eliminieren oder zu kontrollieren. Gleichzeitig versucht die Untergrundbewegung, Aiko für ihre eigenen Zwecke zu gewinnen, um das bestehende System zu stürzen. Aiko steht im Zentrum dieses Machtkampfes und muss sich entscheiden, ob sie sich einer Seite anschließt oder ihren eigenen Weg findet.

Im Laufe der Geschichte entwickelt Aiko nicht nur ihre Fähigkeiten weiter, sondern beginnt auch, die Wahrheit über ihre Herkunft und die Natur ihrer Kräfte zu erfahren. Es stellt sich heraus, dass sie Teil eines größeren Experiments ist, das darauf abzielt, die menschliche Evolution zu beschleunigen. Ihre Entscheidungen und Handlungen haben weitreichende Konsequenzen für die Welt, in der sie lebt, und für die Menschen, die ihr nahestehen.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, moralischen Dilemmata und der Frage nach der Bedeutung von Freiheit und Individualität in einer hochtechnologisierten und kontrollierten Gesellschaft. Die Charaktere, einschließlich Aiko, sind komplex und vielschichtig, wobei ihre Motivationen und Beziehungen im Laufe der Geschichte immer wieder auf die Probe gestellt werden.