Die Mangaserie "It Started with a Kiss" erzählt die Geschichte der Schülerin Kotoko Aihara, die sich in den intelligenten und gutaussehenden Naoki Irie verliebt. Kotoko ist nicht besonders begabt in der Schule, aber sie ist herzlich, optimistisch und voller Entschlossenheit. Naoki hingegen ist ein hochbegabter Schüler, der oft distanziert und kalt wirkt. Nachdem Kotoko ihm einen Liebesbrief überreicht, wird dieser von Naoki abgelehnt, was sie zunächst entmutigt.

Ein Wendepunkt tritt ein, als das Haus der Aihara-Familie durch ein Erdbeben zerstört wird. Kotoko und ihr Vater ziehen bei den Iries ein, da die beiden Familien befreundet sind. Dies führt dazu, dass Kotoko und Naoki unter einem Dach leben müssen. Trotz Naokis anfänglicher Gleichgültigkeit und gelegentlicher Herablassung gegenüber Kotoko entwickelt sich zwischen den beiden langsam eine Beziehung. Kotokos Beharrlichkeit und ihre Fähigkeit, Naokis emotionale Barrieren zu durchbrechen, spielen dabei eine zentrale Rolle.

Im Laufe der Serie wird die Dynamik zwischen den beiden Charakteren komplexer. Naoki beginnt, Kotokos Einfluss auf sein Leben zu erkennen, während Kotoko weiterhin mit ihren eigenen Unsicherheiten und den Herausforderungen, die Naokis Intelligenz und Beliebtheit mit sich bringen, kämpft. Die Geschichte begleitet die beiden durch ihre Schulzeit, ihren Eintritt ins Erwachsenenleben und schließlich ihre Ehe. Dabei werden Themen wie Liebe, Selbstvertrauen, familiäre Beziehungen und persönliches Wachstum behandelt.

Neben den Hauptcharakteren gibt es eine Reihe von Nebenfiguren, die die Handlung bereichern. Dazu gehören Kotokos beste Freundin Satomi, die sie unterstützt, und Naokis jüngerer Bruder Yuuki, der eine freundschaftliche Beziehung zu Kotoko aufbaut. Auch Naokis Eltern spielen eine wichtige Rolle, insbesondere seine Mutter, die Kotoko von Anfang an unterstützt und die Beziehung zwischen den beiden fördert.

Die Serie zeichnet sich durch eine Mischung aus romantischen, humorvollen und emotionalen Momenten aus. Sie zeigt, wie zwei sehr unterschiedliche Menschen zueinander finden und gemeinsam wachsen, während sie die Höhen und Tiefen des Lebens meistern.