"Gakuen Heaven Niwa ver." ist ein Manga, der in der prestigeträchtigen Bell Liberty Academy spielt, einer exklusiven Eliteschule für Jungen. Der Protagonist, Keita Itou, ein durchschnittlicher Schüler, erhält unerwartet eine Zulassung zu dieser renommierten Institution, obwohl er keine besonderen akademischen oder sportlichen Leistungen vorweisen kann. Seine Ankunft an der Schule löst Neugier und Verwunderung unter den Schülern und Lehrern aus, da die Kriterien für die Aufnahme an der Bell Liberty Academy normalerweise äußerst streng sind.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Keitas Aufnahme mit einem mysteriösen Auswahlverfahren zusammenhängt, das von der Schulleitung durchgeführt wird. Die Schule ist bekannt für ihre außergewöhnlichen Schüler, die in verschiedenen Bereichen wie Sport, Kunst und Wissenschaft herausragen. Keita, der sich zunächst fehl am Platz fühlt, versucht, seinen Platz in dieser neuen Umgebung zu finden und Freundschaften zu schließen. Dabei trifft er auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter den charismatischen und beliebten Schüler Naruse, den ruhigen und zurückhaltenden Endou sowie den ehrgeizigen und etwas arroganten Saionji.

Die Handlung entwickelt sich um Keitas Anpassung an das Schulleben und seine Interaktionen mit den anderen Schülern. Es gibt Hinweise auf ein größeres Geheimnis, das die Schule umgibt, und Keita wird langsam in die inneren Machtstrukturen und die verborgenen Konflikte der Akademie hineingezogen. Die Beziehungen zwischen den Schülern sind komplex, und es gibt sowohl freundschaftliche als auch rivalisierende Dynamiken, die die Handlung vorantreiben.

Ein zentrales Thema des Mangas ist die Suche nach Identität und Zugehörigkeit in einer Umgebung, die von hohen Erwartungen und Konkurrenz geprägt ist. Keita muss nicht nur mit den Herausforderungen des Schulalltags fertig werden, sondern auch die wahren Gründe für seine Aufnahme an der Bell Liberty Academy herausfinden. Die Geschichte kombiniert Elemente des Schullebens, Freundschaft, Rivalität und Geheimnisse, wobei die Charakterentwicklung und die zwischenmenschlichen Beziehungen im Mittelpunkt stehen.