"Brynhildr in the Darkness" ist eine Manga-Serie, die von Lynn Okamoto geschrieben und illustriert wurde. Die Handlung dreht sich um Murakami Ryōta, einen Schüler, der sich seit seiner Kindheit für Astronomie interessiert und von der Erinnerung an seine verstorbene Freundin Kuroneko geplagt wird. Kuroneko starb bei einem Unfall, nachdem sie Ryōta versprochen hatte, dass Außerirdische existieren. Jahre später trifft Ryōta auf eine mysteriöse Transferstudentin namens Kuroha Neko, die Kuroneko verblüffend ähnlich sieht. Neko behauptet, keine Erinnerungen an ihre Vergangenheit zu haben, zeigt jedoch übernatürliche Fähigkeiten, die sie als eine von mehreren Mädchen mit genetischen Experimenten identifizieren.

Ryōta erfährt, dass Neko und andere Mädchen wie sie, bekannt als "Hexen", durch wissenschaftliche Experimente geschaffen wurden und über besondere Kräfte verfügen. Diese Kräfte sind jedoch mit einer kurzen Lebenserwartung verbunden, da die Experimente ihren Körper stark belasten. Die Hexen werden von einer Organisation namens "Valhalla" verfolgt, die sie als Fehlschläge betrachtet und eliminieren will. Ryōta beschließt, Neko und ihre Freunde zu schützen, während sie gemeinsam versuchen, das Geheimnis ihrer Existenz zu lüften und einen Weg zu finden, ihr Leben zu verlängern.

Im Laufe der Geschichte werden weitere Charaktere eingeführt, darunter Kana Tachibana, eine Hexe mit telekinetischen Fähigkeiten, und Kazumi Schlierenzauer, eine intelligente und strategisch denkende Hexe. Die Gruppe kämpft gegen die Bedrohungen von Valhalla und versucht, die Wahrheit über die Experimente und die Organisation aufzudecken. Dabei werden moralische Fragen zu Wissenschaft, Ethik und dem Wert des Lebens thematisiert.

Die Handlung ist geprägt von düsteren und dramatischen Elementen, mit zahlreichen Wendungen und Konflikten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Motivationen vertiefen. Die Serie kombiniert Science-Fiction, Mystery und Action, während sie gleichzeitig die emotionalen und psychologischen Auswirkungen der Ereignisse auf die Protagonisten untersucht.