"Baka to Test to Shōkanjū" spielt in der Fumizuki-Akademie, einer Schule, die ihre Schüler nach akademischer Leistung in Klassen von A bis F einteilt. Die Klasse A genießt die besten Einrichtungen, während die Klasse F mit den ärmlichsten Bedingungen auskommen muss. Der Protagonist Akihisa Yoshii, ein notorisch schlechter Schüler, landet in der Klasse F. Zusammen mit seinen Freunden, darunter der intelligente, aber sarkastische Yūji Sakamoto und die gewalttätige, aber loyale Mizuki Himeji, beschließt Akihisa, gegen die höheren Klassen zu kämpfen, um bessere Einrichtungen zu erlangen.

Die Schüler der Fumizuki-Akademie nutzen ein einzigartiges Kampfsystem, bei dem sie Avatare beschwören, deren Stärke von ihren Prüfungsergebnissen abhängt. Diese Avatare, genannt "Shōkanjū", werden in Duellen eingesetzt, um Ressourcen und Privilegien zwischen den Klassen zu verteilen. Akihisa und seine Freunde nutzen dieses System, um gegen die überlegenen Klassen anzutreten, obwohl ihre akademischen Leistungen oft mangelhaft sind. Dabei setzen sie kreative Strategien und unkonventionelle Taktiken ein, um ihre Gegner zu überlisten.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus humorvollen Szenen, Schulleben und den Kämpfen zwischen den Klassen. Neben den akademischen Herausforderungen und den Kämpfen gibt es auch romantische Untertöne, insbesondere zwischen Akihisa und Mizuki, die trotz ihrer körperlichen Stärke eine sanfte und fürsorgliche Seite zeigt. Yūji, der oft als Anführer der Gruppe fungiert, hat eine komplexe Beziehung zu Minami Shimada, einer Klassenkameradin, die ihn oft wegen seiner Faulheit kritisiert.

Die Serie kombiniert Elemente des Slapstick-Humors mit strategischen Kämpfen und schulischen Konflikten. Die Charaktere sind vielfältig und oft übertrieben dargestellt, was zur komödiantischen Atmosphäre beiträgt. Gleichzeitig werden Themen wie Freundschaft, Teamarbeit und der Wert von Bildung durch die Handlung und die Interaktionen der Charaktere erkundet. Die Dynamik zwischen den Klassen und die Bemühungen der Klasse F, ihre Situation zu verbessern, bilden den Kern der Geschichte.