"Planet Guardian (Manga)" handelt von einer dystopischen Zukunft, in der die Erde von einer außerirdischen Bedrohung, den sogenannten "Eclipser", heimgesucht wird. Diese feindlichen Wesen haben den Planeten verwüstet und die menschliche Zivilisation an den Rand des Zusammenbruchs gebracht. Um die Menschheit zu retten, wurde das "Planet Guardian"-Programm ins Leben gerufen, das aus einer Gruppe von Jugendlichen besteht, die spezielle Anzüge tragen, um gegen die Eclipser zu kämpfen. Diese Anzüge verleihen ihnen übermenschliche Kräfte und ermöglichen es ihnen, die Bedrohung zu bekämpfen.

Die Hauptfigur der Geschichte ist Kaito, ein junger Mann, der sich unfreiwillig dem Programm anschließt, nachdem sein Heimatdorf von den Eclipser zerstört wurde. Kaito ist zunächst widerwillig, doch als er die anderen Mitglieder des Teams kennenlernt, entwickelt er ein Gefühl der Verantwortung und des Zusammenhalts. Zu den weiteren Hauptcharakteren gehören Yuna, eine strategisch begabte Anführerin, und Ryo, ein impulsiver Kämpfer mit einer dunklen Vergangenheit. Jeder Charakter bringt eigene Fähigkeiten und persönliche Konflikte in die Gruppe ein, was die Dynamik des Teams prägt.

Die Handlung folgt den Kämpfen des Teams gegen die Eclipser, während sie gleichzeitig versuchen, die Geheimnisse hinter der Herkunft der Feinde und die wahren Absichten des Planet Guardian-Programms aufzudecken. Im Laufe der Geschichte werden die Charaktere mit moralischen Dilemmata konfrontiert, da sie herausfinden, dass nicht alles so ist, wie es scheint. Die Grenzen zwischen Freund und Feind verschwimmen, und die Protagonisten müssen sich mit ihrer eigenen Menschlichkeit auseinandersetzen, während sie um das Überleben der Erde kämpfen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Action-Szenen, emotionalen Momenten und einer sich langsam entfaltenden Hintergrundgeschichte, die die Motivationen der Charaktere und die Ursprünge der Eclipser beleuchtet. Die Serie kombiniert Elemente von Science-Fiction, Drama und Mystery, um eine komplexe und fesselnde Erzählung zu schaffen.