Die Mangaserie *Rockman X4* basiert auf dem gleichnamigen Videospiel aus der *Mega Man X*-Reihe. Die Handlung spielt in einer futuristischen Welt, in der humanoide Roboter, sogenannte Reploids, und Menschen koexistieren. Der Protagonist X, ein fortschrittlicher Reploid mit der Fähigkeit, sich weiterzuentwickeln, kämpft gemeinsam mit seinem Partner Zero gegen eine aufständische Reploid-Armee, die von General genannt wird. General, ein ehemaliger Verbündeter, führt die Reploids in einem Krieg gegen die Menschen, da er glaubt, dass Reploids den Menschen überlegen sind und nicht länger unterdrückt werden sollten.

Im Zentrum der Geschichte steht der Konflikt zwischen den beiden Lagern. X, der für Frieden und Koexistenz zwischen Menschen und Reploids eintritt, sieht sich gezwungen, gegen General und seine Anhänger zu kämpfen. Zero, ein kampferprobter Reploid mit einem mysteriösen Hintergrund, unterstützt X, obwohl er selbst mit inneren Konflikten und Fragen zu seiner eigenen Identität ringt. Während des Krieges treffen die beiden auf starke Gegner, darunter die acht Kommandanten der Reploid-Armee, die jeweils über einzigartige Fähigkeiten verfügen.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Beziehung zwischen X und Zero. Während X moralische Bedenken hat, andere Reploids zu zerstören, zeigt Zero eine pragmatischere Herangehensweise und konzentriert sich darauf, den Krieg zu beenden, unabhängig von den Konsequenzen. Die Geschichte erforscht Themen wie Pflicht, Moral und die Natur von Konflikten, während die Charaktere mit ihren eigenen Überzeugungen und Zweifeln konfrontiert werden.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als sich herausstellt, dass General von einer mysteriösen Figur namens Sigma manipuliert wurde, einem mächtigen Reploid, der bereits in früheren Konflikten eine Bedrohung darstellte. Sigma plant, sowohl Menschen als auch Reploids zu unterwerfen, und nutzt General als Werkzeug, um Chaos zu verbreiten. X und Zero müssen ihre Differenzen überwinden und zusammenarbeiten, um Sigma zu stoppen und den Krieg zu beenden.

Die Mangaserie bleibt dem Spiel treu, erweitert jedoch die Charakterentwicklung und Hintergrundgeschichten der Figuren. Insbesondere Zero erhält mehr Tiefe, da seine Vergangenheit und seine Beziehung zu Sigma näher beleuchtet werden. Die Handlung ist geprägt von actionreichen Kämpfen, emotionalen Momenten und einer fortlaufenden Auseinandersetzung mit den ethischen Fragen, die sich aus dem Zusammenleben von Menschen und Reploids ergeben.