Die Manga-Serie "Rockman X3" basiert auf dem gleichnamigen Videospiel aus der Mega-Man-X-Reihe und adaptiert dessen Handlung in eine visuelle Erzählform. Die Geschichte spielt in einer futuristischen Welt, in der humanoide Roboter, sogenannte Reploids, neben Menschen existieren. Der Protagonist, X, ist ein fortschrittlicher Reploid, der mit der Fähigkeit ausgestattet ist, frei zu denken und zu fühlen. Zusammen mit seinem Partner Zero kämpft er gegen maverick gewordene Reploids, die eine Bedrohung für die Menschheit darstellen.

Die Handlung beginnt mit der Entdeckung eines neuen maverick Anführers namens Doppler, der eine scheinbar friedliche Stadt für Reploids gegründet hat. Doppler behauptet, eine Lösung für das Maverick-Problem gefunden zu haben, doch X und Zero sind skeptisch. Als immer mehr Reploids gewalttätig werden, wird klar, dass Dopplers Absichten nicht so friedlich sind, wie sie zunächst scheinen. Doppler hat einen mächtigen Reploid namens Bit geschaffen, der X und Zero bekämpfen soll, um ihre Mission zu behindern.

Im Verlauf der Geschichte reisen X und Zero durch verschiedene Gebiete, um Dopplers Pläne zu durchkreuzen und die maverick Reploids zu stoppen. Dabei treffen sie auf eine Reihe von Bossgegnern, die jeweils über einzigartige Fähigkeiten verfügen. X nutzt seine Fähigkeit, die Waffen der besiegten Gegner zu absorbieren, um sich weiter zu stärken und sich auf die finalen Kämpfe vorzubereiten. Zero, der mit seinem Lichtschwert kämpft, spielt eine entscheidende Rolle bei der Unterstützung von X, insbesondere in den intensiven Schlachten gegen Bit und andere mächtige Gegner.

Der Höhepunkt der Geschichte führt X und Zero in Dopplers Festung, wo sie die Wahrheit über seine Pläne erfahren. Doppler wurde von einem noch mächtigeren Feind manipuliert, der im Hintergrund agiert und die maverick Reploids kontrolliert. Nach einem epischen Finalkampf gelingt es X und Zero, Doppler zu besiegen und die Bedrohung zu neutralisieren. Die Geschichte endet mit der Erkenntnis, dass der Kampf für Frieden und Gerechtigkeit in einer Welt voller technologischer Fortschritte und ethischer Dilemmata niemals endet.

Die Charaktere X und Zero verkörpern dabei unterschiedliche Ansätze im Umgang mit Konflikten: X steht für Mitgefühl und den Wunsch, Gewalt zu vermeiden, während Zero pragmatischer und kampforientierter handelt. Diese Dynamik zwischen den beiden Protagonisten trägt zur Tiefe der Handlung bei und reflektiert die komplexen Themen der Serie.