Die Manga-Serie "Mobile Suit Gundam" basiert auf der gleichnamigen Anime-Serie und spielt im Universal Century (UC), einer fiktiven Zukunft, in der die Menschheit Kolonien im Weltraum errichtet hat. Die Handlung beginnt mit dem Ausbruch des Konflikts zwischen der Erde und den Raumkolonien, insbesondere der Principality of Zeon, die für ihre Unabhängigkeit kämpft. Die Erde wird von der Earth Federation regiert, die versucht, die Kontrolle über die Kolonien zu behalten.

Der Protagonist der Geschichte ist Amuro Ray, ein junger Techniker, der in der Kolonie Side 7 lebt. Als Zeon-Truppen die Kolonie angreifen, um die Entwicklung eines neuen Waffensystems zu verhindern, gerät Amuro zufällig in den Besitz des RX-78-2 Gundam, eines hochmodernen Mobile Suits. Er nutzt den Gundam, um die Kolonie zu verteidigen, und wird dadurch unwillentlich in den Krieg hineingezogen. Amuro schließt sich der Besatzung des Raumschiffs White Base an, das von der Earth Federation betrieben wird und eine wichtige Rolle im Konflikt spielt.

Auf der anderen Seite steht Char Aznable, ein charismatischer und geheimnisvoller Pilot von Zeon, der als "Roter Komet" bekannt ist. Char ist ein geschickter Taktiker und ein gefährlicher Gegner, der eine persönliche Vendetta gegen die Familie Zabi, die Herrscher von Zeon, verfolgt. Seine Wege kreuzen sich mehrfach mit denen von Amuro, was zu intensiven und symbolträchtigen Konflikten führt.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Kriegsdrama, das nicht nur die Schlachten zwischen den beiden Fraktionen zeigt, sondern auch die Auswirkungen des Krieges auf die Zivilbevölkerung und die psychologische Belastung der Soldaten thematisiert. Amuro muss sich mit den Herausforderungen des Krieges auseinandersetzen, während er gleichzeitig seine Fähigkeiten als Pilot und seine Rolle als Anführer entwickelt. Die Beziehung zwischen Amuro und Char wird zunehmend von Rivalität und Respekt geprägt, während beide Figuren ihre eigenen inneren Konflikte bewältigen.

Die Serie behandelt Themen wie die Grausamkeit des Krieges, die moralischen Dilemmata der Technologie und die Suche nach Identität in einer von Konflikten geprägten Welt. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Motivationen werden im Laufe der Geschichte detailliert dargestellt. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, strategischen Manövern und emotionalen Momenten, die die menschliche Seite des Krieges beleuchten.