"Black Bullet" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit durch eine parasitäre Lebensform namens Gastrea an den Rand der Auslöschung gebracht wurde. Diese Kreaturen, die aus einem Meteoriten stammen, infizieren Menschen und Tiere und verwandeln sie in monströse Wesen. Die Überlebenden der Menschheit haben sich in geschützten Städten verschanzt, die durch Monolith-Wände vor den Gastrea geschützt werden.

Die Handlung konzentriert sich auf Rentarō Satomi, einen jungen Schüler und Mitglied der zivilen Sicherheitsfirma Tendo Civil Security, die beauftragt ist, die Städte vor den Gastrea zu schützen. Rentarō arbeitet eng mit Initiatorinnen zusammen, jungen Mädchen, die durch eine genetische Veränderung übermenschliche Kräfte besitzen und gegen die Gastrea kämpfen können. Diese Mädchen, oft als "Cursed Children" bezeichnet, werden von der Gesellschaft geächtet und diskriminiert, obwohl sie eine entscheidende Rolle im Kampf gegen die Bedrohung spielen.

Rentarōs Partnerin ist Enju Aihara, eine Initiatorin, die trotz ihres jungen Alters über außergewöhnliche körperliche Fähigkeiten verfügt. Zusammen nehmen sie Aufträge an, um die Stadt vor den Gastrea zu schützen, und stoßen dabei auf immer größere Herausforderungen. Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass die Gastrea-Bedrohung komplexer ist als angenommen, und es gibt Hinweise auf eine Verschwörung, die die Existenz der Menschheit weiter gefährdet.

Die Serie thematisiert die Beziehung zwischen Rentarō und Enju, die trotz ihrer unterschiedlichen Hintergründe eine enge Bindung entwickeln. Gleichzeitig wird die gesellschaftliche Diskriminierung der Initiatorinnen und die moralischen Dilemmata im Umgang mit der Gastrea-Bedrohung behandelt. Die Handlung ist geprägt von Action, emotionalen Momenten und einer düsteren Atmosphäre, die die prekäre Situation der Menschheit unterstreicht.