Elle Fanning lieh der Figur Mei Kusakabe in der englischsprachigen Disney-Synchronisation des Studio-Ghibli-Films Mein Nachbar Totoro aus dem Jahr 2005 ihre Stimme. Diese Rolle markierte ihren Einstieg in die Synchronarbeit und war eine Zusammenarbeit mit ihrer Schwester Dakota Fanning, die im selben Film die ältere Schwester Satsuki sprach. Ihre Arbeit an diesem beliebten Klassiker von Hayao Miyazaki stellt ihre direkteste Beteiligung an Anime-Synchronisation dar.

Über diesen spezifischen Anime-Eintrag hinaus hat Fanning eine breitere Karriere aufgebaut, indem sie ihre Stimme verschiedenen Animationsprojekten lieh. Im Jahr 2009 sprach sie die Figur Grace im Film Astro Boy, der auf der gleichnamigen populären japanischen Manga- und Anime-Serie basiert. Sie setzte ihre Synchronarbeit in der Animation mit der Rolle der Winnie Portley-Rind im Stop-Motion-Film Die Boxtrolls aus dem Jahr 2014 fort. 2016 sprach sie die Hauptfigur Félicie im Animationsfilm Ballerina, der in einigen Regionen auch als Leap! bekannt ist. Während diese Rollen ihr anhaltendes Engagement in der Synchronarbeit zeigen, werden sie nicht als Anime klassifiziert, wobei Mein Nachbar Totoro das primäre Beispiel ihrer Arbeit in diesem spezifischen Genre bleibt.