"Copihan" spielt in einer futuristischen Version von Tokio, in der die Stadt durch eine innovative Technologie namens "Copihan" revolutioniert wurde. Diese Technologie ermöglicht es den Bewohnern, durch spezielle Brillen virtuelle Informationen in ihre reale Umgebung zu projizieren. Die Handlung konzentriert sich auf die Schülerinnen der fiktiven Keifuku Academy, insbesondere auf die Protagonistinnen Nene und Saten. Nene ist eine energiegeladene, aber etwas naive Schülerin, die davon träumt, eine berühmte Erfinderin zu werden. Saten hingegen ist ruhiger und pragmatischer, oft die Stimme der Vernunft in Nenes abenteuerlichen Plänen.

Die beiden Freundinnen entwickeln gemeinsam eine App, die auf der Copihan-Technologie basiert und den Nutzern helfen soll, ihren Alltag zu verbessern. Die App, die sie "CopiApp" nennen, wird jedoch schnell zu einer Quelle unerwarteter Komplikationen. Im Laufe der Serie testen Nene und Saten ihre Erfindung in verschiedenen Situationen, was oft zu humorvollen und chaotischen Szenarien führt. Dabei stoßen sie auf eine Reihe von Herausforderungen, darunter technische Probleme, unvorhergesehene Nebenwirkungen und die Reaktionen ihrer Mitschüler und Lehrer.

Neben den technischen Aspekten der Geschichte werden auch die zwischenmenschlichen Beziehungen der Charaktere beleuchtet. Die Dynamik zwischen Nene und Saten steht im Mittelpunkt, wobei ihre unterschiedlichen Persönlichkeiten und Herangehensweisen an Probleme oft für Spannung und Humor sorgen. Weitere Nebencharaktere, darunter Mitschüler und Lehrkräfte, tragen zur Handlung bei, indem sie entweder als Unterstützer oder als Hindernisse für die Protagonistinnen auftreten.

Die Serie verbindet Elemente von Science-Fiction, Comedy und Schulleben, wobei der Fokus auf den kreativen und manchmal absurd anmutenden Ideen der Hauptfiguren liegt. Die Handlung bleibt leicht und unterhaltsam, ohne tiefgreifende Konflikte oder dramatische Wendungen, und präsentiert stattdessen eine humorvolle und fantasievolle Darstellung des Schulalltags in einer technologisch fortgeschrittenen Welt.