Die OVA "Ninja" erzählt die Geschichte von Kagerou, einem jungen Ninja, der in einer von Konflikten geprägten Welt lebt. Kagerou gehört zum Koga-Clan, einer Gruppe von Ninjas, die für ihre tödlichen Fähigkeiten und ihre Loyalität bekannt sind. Die Handlung beginnt mit einem Angriff auf das Dorf des Koga-Clans durch rivalisierende Ninja-Gruppen, die von einem mächtigen Feind angeheuert wurden. Dieser Angriff führt zur Zerstörung des Dorfes und zum Tod vieler Clanmitglieder, darunter auch Kagerous Familie.

Kagerou überlebt den Angriff und schwört Rache. Auf seiner Reise trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter die geheimnisvolle Kunoichi Tsukikage, die ebenfalls ein persönliches Interesse an der Vernichtung des gemeinsamen Feindes hat. Zusammen bilden sie ein ungewöhnliches Team und nutzen ihre Fähigkeiten, um sich durch eine Welt voller Intrigen, Verrat und gefährlicher Gegner zu kämpfen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konfrontationen und Hinterhalten, bei denen Kagerou und Tsukikage ihre Ninja-Techniken und Strategien einsetzen, um ihre Ziele zu erreichen. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata und den Konsequenzen ihrer Handlungen konfrontiert. Die Geschichte thematisiert Themen wie Loyalität, Rache und die Grauzonen zwischen Gut und Böse.

Im Laufe der OVA wird deutlich, dass der Feind, der den Angriff auf das Koga-Dorf befohlen hat, Teil eines größeren, politischen Spiels ist, das über persönliche Rache hinausgeht. Kagerou und Tsukikage müssen nicht nur ihre Fähigkeiten als Ninjas unter Beweis stellen, sondern auch die wahren Motive und Allianzen hinter den Konflikten entschlüsseln.

Die Charaktere sind vielschichtig und zeigen sowohl Stärken als auch Schwächen. Kagerou wird als junger, aber entschlossener Ninja dargestellt, der von seinem Wunsch nach Rache getrieben wird, aber auch mit den moralischen Konsequenzen seiner Taten ringt. Tsukikage hingegen ist eine erfahrene und berechnende Kunoichi, deren Vergangenheit und wahre Absichten zunächst im Dunkeln liegen. Die Dynamik zwischen den beiden Hauptfiguren trägt zur Spannung der Handlung bei.

Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Komplexität der Charaktere sowie die undurchsichtigen Machtverhältnisse in ihrer Welt unterstreicht.