An der Kamome Academy kursieren Gerüchte über die berüchtigten Sieben Mysterien der Schule. Das berühmteste davon ist Hanako-san der Toilette, ein Geist, der angeblich die dritte Kabine im Mädchenbad im dritten Stock des alten Schulgebäudes heimsucht und jedem, der sie erfolgreich beschwört, einen Wunsch erfüllt. In der Hoffnung, ihr eigenes Liebesglück zu verbessern, beschließt die verliebte Erstklässlerin Nene Yashiro, die Legende auf die Probe zu stellen. Als sie jedoch an die Kabinentür klopft, ist der erscheinende Geist überhaupt kein Mädchen, sondern ein messerschwingender Junge, der sich als Hanako-kun vorstellt.

Nene erfährt schnell, dass ihr Wunsch einen Preis hat. Nach einem Missgeschick mit einer Meerjungfrauenschuppe wird sie verflucht, sich in einen Fisch zu verwandeln. Um sie zu retten, schluckt Hanako ebenfalls eine Schuppe, bindet ihre Seelen aneinander und verwandelt Nene in seine neue menschliche Assistentin. Als Hanako-kuns Assistentin entdeckt Nene, dass seine wahre Aufgabe darin besteht, das fragile Gleichgewicht zwischen der Menschenwelt, bekannt als das Nahe Ufer, und der Geisterwelt, dem Fernen Ufer, aufrechtzuerhalten. Gemeinsam begegnen sie den anderen übernatürlichen Mysterien der Schule und korrigieren sie, indem sie gefährliche Gerüchte verändern, um sowohl Schüler als auch Geister zu schützen.

Unterwegs gesellt sich Kou Minamoto zu ihnen, ein gutherziger aber unerfahrener Junge aus einer berühmten Exorzistenfamilie. Obwohl Kou zunächst versucht, Hanako zu exorzieren, erkennt er bald, dass nicht alle Übernatürlichen böse sind, und wird ein enger Verbündeter. Das Trio sieht sich verschiedenen übernatürlichen Bedrohungen gegenüber, darunter die Misaki-Treppe, ein Wunder, das seine Opfer in einer alternativen Realität gefangen hält. Der emotional aufgeladenste Handlungsbogen der ersten Staffel dreht sich um Mitsuba, einen Geist, der ein Klassenkamerad von Kou war. Mitsuba, der bei einem Unfall starb, wünschte sich verzweifelt, Freunde zu haben und in Erinnerung zu bleiben. Nachdem er von Hanakos mysteriösem und unheimlichem Zwillingsbruder Tsukasa manipuliert wurde, verwandelt sich Mitsuba in ein gewalttätiges übernatürliches Wesen, was Hanako zwingt, ihn in einem Moment tiefer Tragik zu zerstören, der Kou am Boden zerstört zurücklässt.

Unter der heiteren und komödiantischen Oberfläche der Serie verbirgt sich ein tiefes Geheimnis. Hanako entpuppt sich als der Geist eines Jungen namens Amane Yugi, der vor Jahrzehnten unter dunklen Umständen starb, die mit dem Mord an seinem Zwillingsbruder Tsukasa zusammenhängen. Er trägt ein Küchenmesser als Waffe, ein direktes Symbol für die Sünde, die er im Leben begangen hat. Als Anführer der Sieben Mysterien wurde ihm Absolution für sein Verbrechen versprochen, wenn er seine Pflichten erfüllt, obwohl ihn die Schuld weiterhin verfolgt. Im Laufe der Serie beginnt Nene, Hinweise auf Hanakos tragische Vergangenheit aufzudecken, während sie gleichzeitig eine schreckliche Wahrheit über ihre eigene Zukunft entdeckt: Ihre Lebensspanne verkürzt sich rapide, und sie hat nur noch ein Jahr zu leben – ein Geheimnis, das Hanako bereits kennt und verzweifelt ändern möchte.