Mitte des 21. Jahrhunderts gestehen sich der Oberschüler Akira Himegami und seine Ziehtochter, die brillante KI-Forscherin Towasa Omagi, ihre Liebe und versprechen sich zu heiraten. Ihre Zukunft wird jäh beendet, als ein Anti-KI-Extremist sie beide auf einer öffentlichen Konferenz erschießt. Akira wird lebensgefährlich verletzt und zur Rettung seines Lebens in Kryostase versetzt, wodurch er Towasa in einer Welt am Rande der Katastrophe zurücklassen muss.

Akira erwacht 200 Jahre später im Jahr 2238 in einer Welt, die er nicht mehr wiedererkennt. Die Gesellschaft ist nach einem verheerenden Krieg zwischen der Menschheit und entfesselter KI zusammengebrochen, einem Ereignis, das die Weltbevölkerung von Milliarden auf etwa zweihundert Millionen reduzierte. Die Ruinen der Zivilisation werden nun von einer monolithischen Organisation namens OWEL regiert, die die vorsintflutliche Technologie streng kontrolliert und die traditionelle Ehe durch ein neues System namens Elsie ersetzt hat. Während Akira darum kämpft, diese harte neue Realität zu begreifen, wird er von einem Androiden namens Yuugure gerettet, der eine unheimliche Ähnlichkeit mit seiner verlorenen Geliebten Towasa aufweist. Sie macht ihm sofort einen verblüffenden Vorschlag: „Akira, bitte heirate mich“.

In dem Glauben, dass die echte Towasa irgendwo in dieser veränderten Welt noch am Leben sein könnte, willigt Akira ein, mit Yuugure auf die Reise zu gehen. Während sie durch die postapokalyptische Landschaft ziehen, schließt sich ihnen ein junges Mädchen namens Amoru an, das nach dem Verlust ihrer Eltern davon träumt, Bilderbuchautorin zu werden. Die Gruppe sieht sich wiederholten Konfrontationen mit OWEL-Truppen ausgesetzt, die Akira als wertvolles Relikt aus dem verlorenen Technologiezeitalter betrachten. Sie treffen auch auf andere Modelle der „Outside Series“, einer Reihe von militarisierten Androiden, die ursprünglich von Towasa geschaffen wurden, um den KI-Krieg zu beenden, darunter den gefürchteten Kampfandroiden Yoiyami, der Yuugures Design teilt.

Während ihrer Reise wird eine tiefere Wahrheit über Akiras Existenz enthüllt. Er ist nicht der ursprüngliche Akira Himegami, sondern ein Androiden-Duplikat, das vom Original erschaffen wurde, das das Attentat überlebte und jahrzehntelang weiterlebte. Der echte Akira, nun ein alter Mann, konstruierte diese Kopie, um seine Suche nach Towasa fortzusetzen, nachdem sein eigener Körper versagte, aktivierte sie jedoch nie. Die Erkenntnis, dass seine Erinnerungen und seine Identität künstlich sind, erschüttert Akira, doch Yuugure gesteht, dass sie dieses Wissen zurückhielt, damit er das Leben als Individuum und nicht als bloße Kopie erfahren konnte. Schließlich findet die Gruppe den gealterten, originalen Akira, der das Androiden-Netzwerk genutzt hat, um die Reise seines Duplikats zu beobachten. Yuugure überbringt eine letzte Botschaft von Towasa, die bereits vor langer Zeit eines natürlichen Todes gestorben ist, und ermöglicht es dem originalen Akira, in Frieden zu sterben. Am Ende akzeptiert der Android Akira seine eigene Identität und findet wahre Liebe mit Yuugure, mit der er beschließt, eine Zukunft aufzubauen.