Iori Kitahara ist ein junger Mann mit einem Traum. Als er auf der malerischen Izu-Halbinsel ankommt, um sein erstes Studienjahr zu beginnen, stellt er sich das typische Campusleben vor, gefüllt mit neuen Freunden und romantischen Begegnungen. Er plant, über dem Tauchladen seines Onkels, Grand Blue, zu wohnen, einem Ort, von dem er annimmt, dass er eine ruhige und praktische Basis für sein neues Leben sein wird. Diese Annahme zerbricht in dem Moment, in dem er die Tür öffnet und sich einem Raum voller muskulöser, völlig nackter Kommilitonen gegenüber sieht, die eine ausgelassene Trinkparty feiern.

Bevor Iori fliehen kann, wird er von den älteren Mitgliedern Shinji Tokita und Ryuujirou Kotobuki gewaltsam in den universitären Tauchclub Peek a Boo rekrutiert. Die Aktivitäten des Clubs haben jedoch wenig mit dem Meer zu tun. Stattdessen widmen sich seine Mitglieder in ihrer Freizeit aufwändigen Trinkgelagen, ziehen sich bis auf die Unterwäsche oder weniger aus und nehmen an absurden, hemdlosen Wettkämpfen teil. Iori wird sofort in diese chaotische Welt aus wilden Partys, Gruppenzwang und Demütigungen hineingezogen, sehr zum Missfallen seiner Cousine und neuen Kommilitonin Chisa Kotegawa, die ihn in einer kompromittierenden Situation vorfindet. Die erste Erzählbogen etabliert diesen zentralen Konflikt: Ioris verzweifelte Versuche, sich einzufügen und sein Traumstudienleben zu verfolgen, werden ständig durch die hedonistischen Streiche des Clubs durchkreuzt, denen er machtlos ausgeliefert ist.

Die Figurenbesetzung ist zentral für den Humor der Serie. Iori findet bald einen widerwilligen Komplizen in Kohei Imamura, einem otaku-Kommilitonen, der von einem Harem aus Anime-Mädchen träumt, aber ebenso leicht korrumpiert und in die Ausschweifungen des Clubs hineingezogen wird. Die beiden werden ein komisches Duo, und ihre Reaktionen auf den eskalierenden Wahnsinn um sie herum sind eine Hauptquelle der Komik. Die älteren Clubmitglieder, der stets trinkende Tokita und der stoische, aber ebenso nackte Barkeeper Kotobuki, sind die chaotischen Katalysatoren, die Iori und Kohei wie ihr persönliches Spielzeug behandeln. Als Kontrast dienen die weiblichen Mitglieder: die vernünftige und sportliche Chisa, die sich leidenschaftlich für das Tauchen begeistert und oft als peinlich berührte Vernünftige gegenüber den Streichen der Jungen agiert; ihre ältere Schwester Nanaka, eine freundliche und üppige Tauchlehrerin mit einer verborgenen Schwärmerei für Chisa; und die schelmische Azusa Hamaoka, eine ältere Studentin, die sich bei den Trinkpartys genauso wohl fühlt wie die Männer.

Im Verlauf der Serie weitet sich die Handlung über den Tauchladen hinaus aus. Ein bemerkenswerter früher Bogen zeigt, wie die Jungen sich versehentlich den Tennisclub zum Feind machen, was zu einem urkomischen und hochriskanten Showdown führt, der Sport-Anime-Tropen parodiert. Ein weiterer bedeutender Bogen stellt Aina Yoshiwara vor, eine Erstsemesterstudentin von einem Frauencollege, die zunächst als Rivale aus dem Tennisclub erscheint, aber schließlich ein Kernmitglied von Peek a Boo wird. Anfangs hinter schwerem Make-up und einer falschen Persönlichkeit versteckt, findet Aina im Tauchclub Akzeptanz und Freundschaft, lernt, ihr wahres Selbst zu akzeptieren, und entwickelt ein romantisches Interesse an Iori. Die Serie zeigt auch eine Reise nach Okinawa, die die Charaktere als heilige Mission betrachten, um ein uraltes Trinkritual zu erleben, und einen Universitätsfest-Bogen, bei dem die Versuche des Clubs, ein einfaches Café zu betreiben, in vorhersehbarem Chaos enden.

Trotz des unermüdlichen Fokus auf alkoholbetonten Humor und männliche Nacktheit kehrt die Serie konsequent zu ihrem namensgebenden Thema zurück. Zwischen den Partys finden sich überraschend authentische und gut dargestellte Tauchgänge. Chisa, Nanaka und andere Mitglieder nehmen den Sport ernst, und der Anime nimmt sich Zeit, die Ausrüstung, Sicherheitsprotokolle und die friedliche Schönheit der Unterwasserwelt genau darzustellen. Für Iori, der zu Beginn nicht einmal schwimmen kann, wird das Tauchenlernen ein echtes persönliches Ziel und eine Möglichkeit, sich mit seinen Cousinen auf deren eigene Weise zu verbinden. Diese Momente aufrichtiger Leidenschaft für das Meer bieten einen schönen und beruhigenden Gegenpol zum Chaos an Land und zeigen letztlich, dass unter der wilden Fassade die Mitglieder von Peek a Boo eine tiefe Freundschaftsbande und eine wahre Liebe für das Grand Blue-Meer teilen.