Sergeant Keroro, Anführer eines kleinen Zuges froschähnlicher Außerirdischen-Soldaten vom Planeten Keron, hat seine Mission, die Erde – bei seiner Art als Pekopon bekannt – zu erobern, weitgehend aufgegeben. Stattdessen verbringt er seine Tage damit, sich für Plastik-Gundam-Modelle zu begeistern, während er unter dem Dach der Familie Hinata in Tokio lebt. Während eines Routineausflugs, um mit dem ältesten Sohn Fuyuki ein neues Modell zu kaufen, entdecken die beiden einen geheimnisvollen Schrein. Darin stolpert Keroro versehentlich und zerbricht eine alte Vase. Am nächsten Tag beginnen seltsame Ereignisse die Stadt heimzusuchen, als Bürger in eine rätselhafte Panik verfallen.

Die zerbrochene Vase hatte Kiruru enthalten, eine uralte und ultimative Waffe von Keron, von der man lange annahm, sie sei versiegelt. Diese zerstörerische Entität beginnt, ihren Einfluss zu verbreiten, indem sie Menschen – einschließlich Keroro und Fuyuki – mit einem roten X-Symbol markiert. Diese Markierungen verleihen telepathische Fähigkeiten namens Revocommi, was zunächst faszinierend erscheint, aber schnell zum gesellschaftlichen Zusammenbruch führt, da Menschen von den negativen Gedanken anderer überwältigt werden. Die Stadt kommt zum Stillstand, da die Bürger sich depressiv zurückziehen.

Eine neue Keronierin namens Mirara, die das Geheimnis der Waffe kennt, trifft ein, um die ernste Lage zu erklären. Kiruru ernährt sich von negativen menschlichen Emotionen wie Konflikt, Schmerz und Sorge. Während sich diese Gefühle in der Stadt ausbreiten, wird Kiruru stärker und verwandelt sich in ein kolossales Monster, das durch die Metropole wütet. Mirara enthüllt, dass der einzige Weg, Kiruru erneut zu versiegeln, die Kraft starker Freundschaft und gegenseitigen Vertrauens ist.

Als Kiruru genug dunkle Energie absorbiert und beginnt, sich zu vervielfältigen, versucht der Keroro-Zug einen direkten Angriff, scheitert aber selbst daran, der Kreatur Kratzer zuzufügen. Nachdem Kiruru den Haushalt der Hinatas und Keroros geliebte Modellsammlung in Trümmer gelegt hat, lässt die Freundschaftsbindung zwischen Keroro und Fuyuki die roten X-Markierungen auf ihren Köpfen verschwinden. Diese positive Energie liefert den Schlüssel zum Stoppen der Waffe. Während Mirara sich in ein Siegel verwandelt, arbeiten Keroro und Fuyuki zusammen, um das Herz des Monsters zu erreichen. Indem sie ihre Kräfte vereinen und das Siegel in den Kern des Kiruru-Turms einsetzen, gelingt es ihnen, die uralte Waffe erneut einzufangen, wodurch die Kreatur und alle roten Markierungen in der Stadt in einem gleißenden Lichtblitz verschwinden.